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如果满足条件，则删除行和下一行

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如果满足条件，则删除行和下一行

我有这样的文件，我使用 bash：

&ACLB032-06|Bos taurus|COI-5P|HM102290
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTCTATATCAACACTTATTC--------
&CYTC426-12|Bos taurus|atp6
ATGAACGAAAATTTATTTACCTCTTTTACCAATTCTAGAGTTTGCAGTAGCTATAATCCAAGCCTATGTATTCACTCTCCTAGTCAGCCTATATCTGCATGACAACACA
&CYTC426-12|Bos taurus|D-loop
AACACTATTAATATAGTTCCATAAATACAAAGCGCTTTCAATACTCAATTTAGCACTCCAAACAAAGTCAATATATAAACGCAGGCCCCCCCCCCC
&CYTC426-12|Bos taurus|COII
ATGGCATATCCCATACAACTAGGATTCCAAGCGGGTCAAACCACAGTTTCATACCCATTGTCCTTGAGTTAGTCCCACTAAAGTACTTTGAAAAATGATCTGCGTCAA
&CYTC426-12|Bos taurus|COI-5P|HQ184039
CATAAAGATATTGGTACCCTTTATCTAAAAAGTCTTCAGCTGATTAGCAACACTTCATGGAGGT
&CYTC426-12|Bos taurus|CYTB
ATGACTAACATTCGAAAGTCCCACCCACTACCTAGTGCTAATACCAACGGCCGGCACAGTCGAAAACAAATTACTAAAATGA

该文件可能包含一百万行，我只想保留包含字符串“COI-5P”的行及其后续行，这将导致以下结果

&ACLB032-06|Bos taurus|COI-5P|HM102290
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTCTATATCAACACTTATTC--------
&CYTC426-12|Bos taurus|COI-5P|HQ184039
CATAAAGATATTGGTACCCTTTATCTAAAAAGTCTTCAGCTGATTAGCAACACTTCATGGAGGT

但我很难找到解决方案。你能帮我吗？

答案1

你可以尝试（假设 GNU grep）：

grep -A1 --no-group-separator 'COI-5P' file

手册grep页说：

上下文线控制

-A 编号,--after-context=编号

打印编号匹配行之后的尾随上下文行。--在连续的匹配组之间放置一条包含组分隔符 ( ) 的行。使用-o或--only-matching选项，这不起作用并给出警告。

--no-group-separator

使用空字符串作为组分隔符。

测试：

$ cat file
&ACLB032-06|Bos taurus|COI-5P|HM102290
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTCTATATCAACACTTATTC--------
&CYTC426-12|Bos taurus|atp6
ATGAACGAAAATTTATTTACCTCTTTTACCAATTCTAGAGTTTGCAGTAGCTATAATCCAAGCCTATGTATTCACTCTCCTAGTCAGCCTATATCTGCATGACAACACA
&CYTC426-12|Bos taurus|D-loop
AACACTATTAATATAGTTCCATAAATACAAAGCGCTTTCAATACTCAATTTAGCACTCCAAACAAAGTCAATATATAAACGCAGGCCCCCCCCCCC
&CYTC426-12|Bos taurus|COII
ATGGCATATCCCATACAACTAGGATTCCAAGCGGGTCAAACCACAGTTTCATACCCATTGTCCTTGAGTTAGTCCCACTAAAGTACTTTGAAAAATGATCTGCGTCAA
&CYTC426-12|Bos taurus|COI-5P|HQ184039
CATAAAGATATTGGTACCCTTTATCTAAAAAGTCTTCAGCTGATTAGCAACACTTCATGGAGGT
&CYTC426-12|Bos taurus|CYTB
ATGACTAACATTCGAAAGTCCCACCCACTACCTAGTGCTAATACCAACGGCCGGCACAGTCGAAAACAAATTACTAAAATGA

$ grep -A1 --no-group-separator 'COI-5P' file
&ACLB032-06|Bos taurus|COI-5P|HM102290
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTCTATATCAACACTTATTC-----------
&CYTC426-12|Bos taurus|COI-5P|HQ184039
CATAAAGATATTGGTACCCTTTATCTAAAAAGTCTTCAGCTGATTAGCAACACTTCATGGAGGT

答案2

我用这段代码找到了解决方案：

awk '/COI-5P/{nr[NR]; nr[NR+1]}; NR in nr' oldfile > newfile

在哪里

  • /COI-5P/{nr[NR]; nr[NR+1]}记录匹配行和后续行
  • NR in nr选择并隐式打印记录的行。

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