我有一个这样的文件:(有 308545 行)
head output11.frq
CHR SNP A1 A2 MAF NCHROBS
1 1:775852:T:C T C 0.1707 3444
1 1:1120590:A:C C A 0.08753 3496
1 1:1145994:T:C C T 0.1765 3496
1 1:1148494:A:G A G 0.1059 3464
1 1:1201155:C:T T C 0.07923 3496
...
另一个文件 (marker-info) 包含前 24 行注释,并以逗号分隔,如下所示(总共 500593 行):
1,742429,SNP_A-1909444,ss66079302,rs3094315,36.2,G,A,C,T,A,GCACAGCAAGAGAAAC[A/G]TTTGACAGAGAATACA,Sty,+,-,y,,,127,phs000018
1,769185,SNP_A-4303947,ss66273559,rs4040617,36.2,A,G,A,G,A,GCTGTGAGAGAGAACA[A/G]TGTCCCAATTTTGCCC,Sty,+,+,n,,,127,phs000018
1,775852,SNP_A-1886933,ss66317030,rs2980300,36.2,T,C,A,G,A,GAATGACTGTGTCTCT[C/T]TGAGTTAGTGAAGTCA,Nsp,-,+,y,,,127,phs000018
1,782343,SNP_A-2236359,ss66185183,rs2905036,36.2,C,T,C,T,A,CTCGATTTGTGTTCAA[C/T]ATATTTCATTTGTACC,Sty,-,-,n,,,127,phs000018
1,1201155,SNP_A-2205441,ss66174584,rs4245756,36.2,C,T,C,T,A,CCAGTGCTTTCAACCA[C/T]ACTCACTTTTCACTGT,Sty,+,+,n,,,127,phs000018
...
我想将 output11.frq 中的第二列替换为标记信息中的第五列,该第五列在第一列和第二列中具有匹配的值,因此对于本示例,output11.frq 的结果将如下所示:
1 rs2980300 T C 0.1707 3444
1 rs4245756 T C 0.07923 3496
我尝试这样做,但我得到了空文件:
vi tst.awk
NR==FNR { map[$1,$2]=$5; next }
($1,$4) in map { $2=map[$1,$4]; print }
awk -f tst.awk FS=',' marker-info FS='\t' output11.frq > output11X.frq
编辑:
我尝试运行这个:
vi test2.awk
NR==FNR { map[$2]=$5 }
NR!=FNR { split($4, x, ":"); if(x[2] in map){ $4=map[x[2]]; print }}
awk -f test2.awk FS=',' marker-info FS='\t' output11.frq > output11X.frq
但我得到了这个:
head output11X.frq
CHR SNP A1 A2 MAF NCHROBS rs41340551
1 1:775852:T:C T C 0.1707 3444 rs41340551
1 1:1120590:A:C C A 0.08753 3496 rs41340551
1 1:1145994:T:C C T 0.1765 3496 rs41340551
...
答案1
您的脚本的问题是您尝试使用字符串作为11:775852:T:C
映射中的键,其键的格式为775852
.
自从您在评论中提到您认为不需要它以来,我已经省略了此处理中的第一列。
NR==FNR { map[$2]=$5 }
NR!=FNR { split($2, x, ":"); if(x[2] in map){ $2=map[x[2]]; print }}
我曾经split
获取字符串的相关部分并添加条件,因为在处理该子字符串之前,无法执行所需的查找。
这似乎按要求执行:
[gnubeard@mothership: ~/dna]$ awk -f test.awk FS=',' marker-info FS=' ' output11.frq
1 rs2980300 T C 0.1707 3444
1 rs4245756 T C 0.07923 3496
确保您拥有的字段与您认为拥有的列对齐。如果您希望输出以制表符分隔,则可以OFS
在脚本的后半部分设置变量,如下所示:NR!=FNR { OFS="\t"; split($2, x, ":"); if(x[2] in map){ $2=map[x[2]]; print }}
编辑:我已更改FS
命令中的变量,以将 output11.frq 的分隔符更改为空格。这将防止对选项卡数量的繁琐操作。