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如果下一行以模式开头则删除该行

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如果下一行以模式开头则删除该行

我想删除一行，如果它不以“a”“c”“t”或“g”开头，并且下一行以“>”开头。在以下示例中，“`>seq3”被删除。

输入：

>seq1
actgatgac
>seq2
ctgacgtca
>seq3
>seq4
gtagctagt
>seq5
tgacatgca

预期输出：

>seq1
actgatgac
>seq2
ctgacgtca
>seq4
gtagctagt
>seq5
tgacatgca

我尝试过使用 sed (sed '/^>.*/{$!N;/^>.*/!P;D}'和sed '/^>/{$d;N;/^[aA;cC;gG;tT]/!D}') 但没有成功。

答案1

你可以尝试这样的事情：

$ sed -e '$!N;/^>.*\n>/D' -e 'P;D' file
>seq1
actgatgac
>seq2
ctgacgtca
>seq4
gtagctagt
>seq5
tgacatgca

那是

  • 维护一个两行缓冲区$!N...P;D
  • 寻找以换行符开头>并>在换行符之后有另一个的模式
  • 删除直到换行符

答案2

一个 awk 的例子：

awk 'BEGIN {lasta="XXX"} {if ($0 !~ /^ *>/) printf("%s\n%s\n",lasta,$0);   lasta=$0;}'  fileNAME.txt

相当于

cat fileNAME.txt | awk 'BEGIN {lasta="XXX"} {if ($0 !~ /^ *>/) printf("%s\n%s\n",lasta,$0);   lasta=$0;}'

答案3

如果你有pcregrep安装后，你可以尝试：

pcregrep -M  '^>.*\n[^>]' file

解释

  • -M允许多行匹配
  • >查找以换行符开头和结尾的模式，后面不包含换行符>

答案4

尝试使用 awk 命令工作正常

awk '{a[++i]=$0}/^[actg]/{for(x=NR-1;x<=NR;x++)print a[x]}' file.txt

输出

>seq1
actgatgac
>seq2
ctgacgtca
>seq4
gtagctagt
>seq5
tgacatgca

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