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sed 分组不能捕获整个组

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sed 分组不能捕获整个组

我有一个包含如下行的文件：

TsM_000477300_transcript_id_TsM_000477300_gene_id_TsM_000477300,extr 29
TsM_000541200_transcript_id_TsM_000541200_gene_id_TsM_000541200,extr 9,plas 7,mito 6.5,cyto_mito 4,E.R. 3,lyso 3,golg 3,E.R._golg 3
TsM_000020400_transcript_id_TsM_000020400_gene_id_TsM_000020400,extr 28,cyto 1,E.R. 1,pero 1,lyso 1,cyto_pero 1
TsM_000268600_transcript_id_TsM_000268600_gene_id_TsM_000268600,extr 13,plas 7,E.R. 5,lyso 3,golg 2
TsM_000533800_transcript_id_TsM_000533800_gene_id_TsM_000533800,extr 31
TsM_000208300_transcript_id_TsM_000208300_gene_id_TsM_000208300,extr 19,pero 5,lyso 4,plas 2,E.R. 2
TsM_000379500_transcript_id_TsM_000379500_gene_id_TsM_000379500,extr 15,golg 12,lyso 3
TsM_000882200_transcript_id_TsM_000882200_gene_id_TsM_000882200,extr 32
TsM_001173700_transcript_id_TsM_001173700_gene_id_TsM_001173700,extr 31

我想要的输出是这样的：

TsM_000477300,extr 29
TsM_000541200,extr 9,plas 7,mito 6.5,cyto_mito 4,E.R. 3,lyso 3,golg 3,E.R._golg 3
TsM_000020400,extr 28,cyto 1,E.R. 1,pero 1,lyso 1,cyto_pero 1
TsM_000268600,extr 13,plas 7,E.R. 5,lyso 3,golg 2
TsM_000533800,extr 31
TsM_000208300,extr 19,pero 5,lyso 4,plas 2,E.R. 2
TsM_000379500,extr 15,golg 12,lyso 3
TsM_000882200,extr 32
TsM_001173700,extr 31

我已经使用了 sed -E 's/(^.+)_transcript_id_.+.,(.*$)/\1,\2/' ，但我无法得到我想要的。这是我的输出：

TsM_000477300,extr 29
TsM_000541200,E.R._golg 3
TsM_000020400,cyto_pero 1
TsM_000268600,golg 2
TsM_000533800,extr 31
TsM_000208300,E.R. 2
TsM_000379500,lyso 3
TsM_000882200,extr 32
TsM_001173700,extr 31

我尝试了一些变化，但没有成功，我也不知道为什么。

答案1

问题是.+.,贪婪地匹配所有直到并包括最后的 ,

您可以将其修改为[^,]+.,或仅[^,]+,模拟 CSV 上下文中的非贪婪。但是，您可能可以做一些更简单的事情，例如

$ sed 's/_transcript_id_[^,]*//' file
TsM_000477300,extr 29
TsM_000541200,extr 9,plas 7,mito 6.5,cyto_mito 4,E.R. 3,lyso 3,golg 3,E.R._golg 3
TsM_000020400,extr 28,cyto 1,E.R. 1,pero 1,lyso 1,cyto_pero 1
TsM_000268600,extr 13,plas 7,E.R. 5,lyso 3,golg 2
TsM_000533800,extr 31
TsM_000208300,extr 19,pero 5,lyso 4,plas 2,E.R. 2
TsM_000379500,extr 15,golg 12,lyso 3
TsM_000882200,extr 32
TsM_001173700,extr 31

答案2

正如已经解释的，问题是你的正则表达式寻找最长的可能匹配。另一个解决方案是使用允许非贪婪正则表达式的工具：

$ perl -pe 's/(TsM_.+?)_.+?,/$1,/' file
TsM_000477300,extr 29
TsM_000541200,extr 9,plas 7,mito 6.5,cyto_mito 4,E.R. 3,lyso 3,golg 3,E.R._golg 3
TsM_000020400,extr 28,cyto 1,E.R. 1,pero 1,lyso 1,cyto_pero 1
TsM_000268600,extr 13,plas 7,E.R. 5,lyso 3,golg 2
TsM_000533800,extr 31
TsM_000208300,extr 19,pero 5,lyso 4,plas 2,E.R. 2
TsM_000379500,extr 15,golg 12,lyso 3
TsM_000882200,extr 32
TsM_001173700,extr 31

或者，使用原始尝试的稍微调整版本：

$ perl -pe 's/(^.+)_transcript_id_.+?,(.*$)/\1,\2/' file
TsM_000477300,extr 29
TsM_000541200,extr 9,plas 7,mito 6.5,cyto_mito 4,E.R. 3,lyso 3,golg 3,E.R._golg 3
TsM_000020400,extr 28,cyto 1,E.R. 1,pero 1,lyso 1,cyto_pero 1
TsM_000268600,extr 13,plas 7,E.R. 5,lyso 3,golg 2
TsM_000533800,extr 31
TsM_000208300,extr 19,pero 5,lyso 4,plas 2,E.R. 2
TsM_000379500,extr 15,golg 12,lyso 3
TsM_000882200,extr 32
TsM_001173700,extr 31

当然，在您的数据中，成绩单 ID 似乎在末尾重复，因此您可以简单地执行以下操作：

$ cut -d_ -f9- file
TsM_000477300,extr 29
TsM_000541200,extr 9,plas 7,mito 6.5,cyto_mito 4,E.R. 3,lyso 3,golg 3,E.R._golg 3
TsM_000020400,extr 28,cyto 1,E.R. 1,pero 1,lyso 1,cyto_pero 1
TsM_000268600,extr 13,plas 7,E.R. 5,lyso 3,golg 2
TsM_000533800,extr 31
TsM_000208300,extr 19,pero 5,lyso 4,plas 2,E.R. 2
TsM_000379500,extr 15,golg 12,lyso 3
TsM_000882200,extr 32
TsM_001173700,extr 31

或者：

$ sed 's/.*TsM/TsM/' file
TsM_000477300,extr 29
TsM_000541200,extr 9,plas 7,mito 6.5,cyto_mito 4,E.R. 3,lyso 3,golg 3,E.R._golg 3
TsM_000020400,extr 28,cyto 1,E.R. 1,pero 1,lyso 1,cyto_pero 1
TsM_000268600,extr 13,plas 7,E.R. 5,lyso 3,golg 2
TsM_000533800,extr 31
TsM_000208300,extr 19,pero 5,lyso 4,plas 2,E.R. 2
TsM_000379500,extr 15,golg 12,lyso 3
TsM_000882200,extr 32
TsM_001173700,extr 31

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