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grep -no 无法正常工作

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grep -no 无法正常工作

通常，当使用grep -no每个单独的匹配时都有一个行号。例如，当我输入时，grep -no "[A|a]" chr22.fa我期望：

$ grep -v ">" chr22.fa | grep -o -n "[A|a]" | head -n 17
210201:A
210201:A
210201:A
210201:A
210201:A
210201:A
210201:A
210201:A
210201:A
210201:A
210201:A
210201:A
210201:A
210201:A
210201:A
210202:A
210202:A

然而，最近的输出看起来像这样：

$ grep -v ">" chr22.fa | grep -o -n "[A|a]" | head -n 17
210201:A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A

无论我正在搜索什么以及哪个染色体 txt 文件，我都会遇到同样的问题。有谁知道为什么会出现这种不正确的格式？预先感谢您的帮助。

编辑： hexdump -C 在具有随机字母序列的短文件上的结果：

00000000  41 41 41 41 41 41 41 41  41 41 0a 62 42 42 42 42 |AAAAAAAAAA.bBBBB|
00000010  41 41 41 0a 42 42 41 42  41 41 42 41 42 41 42 42  |AAA.BBABAABABABB|
00000020  41 42 41 0a 41 42 55 57  42 41 55 41 42 57 44 55  |ABA.ABUWBAUABWDU|
00000030  42 57 55 44 55 57 44 55  0a 41 48 55 44 48 47 55  |BWUDUWDU.AHUDHGU|
00000040  45 47 55 0a 68 65 69 66  68 69 65 68 66 0a 77 65  |EGU.heifhiehf.we|
00000050  68 66 69 68 77 65 66 0a  41 41 0a 68 73 65 66 69 |hfihwef.AA.hsefi|
00000060  68 48 41 0a                                       |hHA.|
00000064

答案1

grep (BSD grep) 2.5.1-FreeBSD
行为不同于
grep (GNU grep) 3.40

BSD grep 只会给你一次行号，而不是像 GNU grep 那样重复相同的行号

你可以安装 GNU grep

brew install grep

如果您需要使用 ggrep 作为默认 grep，您可以创建一个符号链接

ln -is $(which ggrep) /usr/local/bin/grep

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