将特定数据提取到不同目录中的多个文件

Question 1

假设您正在 bash 中工作，使用 gnu grep 和 sed 以及 3 个目录：

$ ls
1trg_A  2ert_B  6yus_1

您可以在 bash 中使用 globstar 功能 (**)

$ ls **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt
1trg_A/Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt  2ert_B/Pocket_001_2ert_B.pdb_OUTPUT.txt  6yus_1/Pocket_003_6yus_1.pdb_OUTPUT.txt

所以现在，您需要做的就是使用 grep 找到您想要的行

$ grep -e '^Exposed To Solvent:' **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt
1trg_A/Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     133.3   (28.9%)
2ert_B/Pocket_001_2ert_B.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     125.4   (49.9%)
6yus_1/Pocket_003_6yus_1.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     45.3   (22.4%)

然后你必须使用 sed 修改提取的行。完整的命令看起来像

$ grep -e '^Exposed To Solvent:' **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt | sed -e 's/^.*\(Pocket.*\.pdb\).*:/\1/;s/[()]//g' >myfile
$ cat myfile
Pocket_001_1trg_A.pdb     133.3   28.9%
Pocket_001_2ert_B.pdb     125.4   49.9%
Pocket_003_6yus_1.pdb     45.3   22.4%

注意：我假设 2ert_B 文件夹中没有文件 Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt。

Answer

假设您正在 bash 中工作，使用 gnu grep 和 sed 以及 3 个目录：

$ ls
1trg_A  2ert_B  6yus_1

您可以在 bash 中使用 globstar 功能 (**)

$ ls **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt
1trg_A/Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt  2ert_B/Pocket_001_2ert_B.pdb_OUTPUT.txt  6yus_1/Pocket_003_6yus_1.pdb_OUTPUT.txt

所以现在，您需要做的就是使用 grep 找到您想要的行

$ grep -e '^Exposed To Solvent:' **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt
1trg_A/Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     133.3   (28.9%)
2ert_B/Pocket_001_2ert_B.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     125.4   (49.9%)
6yus_1/Pocket_003_6yus_1.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     45.3   (22.4%)

然后你必须使用 sed 修改提取的行。完整的命令看起来像

$ grep -e '^Exposed To Solvent:' **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt | sed -e 's/^.*\(Pocket.*\.pdb\).*:/\1/;s/[()]//g' >myfile
$ cat myfile
Pocket_001_1trg_A.pdb     133.3   28.9%
Pocket_001_2ert_B.pdb     125.4   49.9%
Pocket_003_6yus_1.pdb     45.3   22.4%

注意：我假设 2ert_B 文件夹中没有文件 Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt。

Question 2

我不由自主地伸手find去拿awk这个

find . -type f -name "Pocket*.pdb" -exec awk -F: '$1~"Solvent"{last = split(FILENAME, bits, "/"); print bits[last],$2}' {} \;

Pocket_003_6yus_1.pdb      45.3   (22.4%)
Pocket_001_2ert_B.pdb      125.4   (49.9%)

演练

从与模式匹配的所有. find文件中并使用以下代码-type f-name"Pocket*.pdb"-exec

find . -type f -name "Pocket*.pdb" -exec

awk-F使用字段分隔符遍历每个文件（逐行），:直到找到您感兴趣的文本为止$1~"Solvent"

  awk -F: '$1~"Solvent"{

一旦找到匹配项，split就会FILENAME存储bits[]它/被切分成的位数last，然后print是文件名（在中bits[last]）以及您想要的数据$2，然后exitas 不需要进一步处理。对单独找到的awk每个文件单独执行此操作{}\;

    last = split(FILENAME, bits, "/"); print bits[last],$2; exit 1}' {} \;

但毕竟打字之后@renaudglobstar与awk

awk -F: '$1~"Solvent"{last = split(FILENAME, bits, "/"); print bits[last],$2; exit 1}' **/Pocket*.pdb

Pocket_001_2ert_B.pdb      125.4   (49.9%)
Pocket_003_6yus_1.pdb      45.3   (22.4%)

只是顺序不同而已。

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