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无法通过将两个输入文件作为输入来在 Linux 中运行 bash 循环？

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无法通过将两个输入文件作为输入来在 Linux 中运行 bash 循环？

bash 脚本新手，我制作了脚本来自动运行程序在 100 个不同的文件上运行，有人可以更正该脚本吗？在一个目录中，我有 1 到 100 个文件，其后缀为 *_R1_sic.fast 和 *_R2_sic.fast 对于所有文件都是通用的。

#!/bin/bash
set -e
 
for i in *_R*_sic.fast
do
   SAMPLE=$(echo ${i} | sed "s/_R1_\sic.fast//" | sed "s/_R2_\sic.fast//")
   echo ${SAMPLE}_R1_sic.fast
   echo ${SAMPLE}_R2_sic.fast
time /home/cent/anaconda3/envs/cot_env/bin/cot_cpp cot -k 25 -l 100 -p /home/cent/data/dy_samples/gz/trim/bssp/dat_files/${SAMPLE}_R1_sic.fast /home/cent/data/dy_samples/gz/trim/bssp/dat_files/${SAMPLE}_R2_sic.fast -o /home/cent/data/dy_samples/gz/trim/bssp/dat_files/${SAMPLE}_R_001_trimo25p_shat -t 5 -u 5 -g 150 -m 150G > ${SAMPLE}_R_001_trimo25p_shat_log
done

答案1

你可能想要这个：

dat_files=/home/cent/data/dy_samples/gz/trim/bssp/dat_files
cot_bin=/home/cent/anaconda3/envs/cot_env/bin

for r1 in *_R1_sic.fast; do
    sample=${r1%_R1_sic.fast}      # trim the _R1... suffix
    r2=${sample}_R2_sic.fast       # add the _R2 suffix
    if [[ -f $r2 ]]; then
        out=${sample}_R_001_trimo25p_shat
        cot_args=(
            -k 25 
            -l 100 
            -p "$dat_files/$r1" "$dat_files/$r2" 
            -o "$dat_files/$out"
            -t 5
            -u 5 
            -g 150 
            -m 150G
        )
        time "$cot_bin/cot_cpp" cot "${cot_args[@]}" > "${out}_log"
    fi
done

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