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在 docker run 命令中引用 s3

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在 docker run 命令中引用 s3

我正在尝试docker使用来自不同存储桶的内容来测试本地图像s3并获取：

docker: invalid reference format

可以ec2看到s3存储桶，我可以 ls 及其cp中的内容，但文件很大，因此我必须避免-v引用本地文件。 。谢谢 ：）。

docker run <image> HaplotypeCaller  \
 -R <s3_bucket1> \
 -I <s3_bucket2> \
 -L <s3_bucket3> \
 -O <s3_bucket1>

答案1

您可以使用https://github.com/s3fs-fuse/s3fs-fuse安装 S3 存储桶，然后绑定卷并在 Docker 容器中使用它，如下所示：

jdsalaro$ sudo apt install s3fs

或在 OSx 上：

brew install --cask osxfuse
brew install s3fs

然后安装 S3 存储桶并使用安装点作为卷运行容器：

jdsalaro$ s3fs helloworld /tmp/s3fs/
jdsalaro$ docker run -v /tmp/s3fs/:/tmp/s3fs alpine ls -Rl /tmp/

/tmp/:
total 1
drwx------    1 root     root             0 Jan  1  1970 s3fs

/tmp/s3fs:
total 1
drwxr-x---    1 root     root             0 Dec  9 22:17 helloworld

/tmp/s3fs/helloworld:
total 0

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