将每个目录中以相同名称开头的 fasta 文件提取到单个输出文件中

Question

我有多个目录，这些目录中有多个 fasta 文件。我试图将每个目录中以特定名称开头的所有文件连接到一个文件中。 hpa_C.seq PANS_1_2__hpaC.fasta PANS_4_2__hpaC.fasta PNA_02_12__hpaC.fasta PNA_07_7__hpaC.fasta PNA_18_9S__hpaC.fasta PNA_98_12__hpaC.fasta PNA_99_3__hpaC.fasta leu_D.seq PANS_1_2__leuD。快 PANS_4_2__leuD.fasta PNA_02_12__leuD.fasta PNA_07_7__leuD.fasta PNA_18_9S__leuD.fasta PNA_98_12__leuD.fasta PNA_99_6__leuD.fasta nta_A。序列 PANS_1_2__ntaA.fasta PANS_4_2__ntaA.fasta PNA_02_12__ntaA.fasta PNA_07_7__ntaA.fasta PNA_18_9S__ntaA.fasta PNA_98_12__ntaA.fasta PNA_99_6__ntaA.fasta

我尝试使用以下脚本将所有以名称 PANS_1_2 开头的 fasta 文件连接到输出文件中

for sample in *.seq;do 
  echo -en $sample
  cat *.seq/PANS_1_2*.fasta
done > xyz

然而，该脚本在输出文件中多次返回序列。

Answer 1

cat *.seq/PANS_1_2*.fasta > xyz已连接所有fasta文件。for循环将其乘以文件数seq。