![将每个目录中以相同名称开头的 fasta 文件提取到单个输出文件中](https://linux22.com/image/187640/%E5%B0%86%E6%AF%8F%E4%B8%AA%E7%9B%AE%E5%BD%95%E4%B8%AD%E4%BB%A5%E7%9B%B8%E5%90%8C%E5%90%8D%E7%A7%B0%E5%BC%80%E5%A4%B4%E7%9A%84%20fasta%20%E6%96%87%E4%BB%B6%E6%8F%90%E5%8F%96%E5%88%B0%E5%8D%95%E4%B8%AA%E8%BE%93%E5%87%BA%E6%96%87%E4%BB%B6%E4%B8%AD.png)
我有多个目录,这些目录中有多个 fasta 文件。我试图将每个目录中以特定名称开头的所有文件连接到一个文件中。 hpa_C.seq PANS_1_2__hpaC.fasta PANS_4_2__hpaC.fasta PNA_02_12__hpaC.fasta PNA_07_7__hpaC.fasta PNA_18_9S__hpaC.fasta PNA_98_12__hpaC.fasta PNA_99_3__hpaC.fasta leu_D.seq PANS_1_2__leuD。快 PANS_4_2__leuD.fasta PNA_02_12__leuD.fasta PNA_07_7__leuD.fasta PNA_18_9S__leuD.fasta PNA_98_12__leuD.fasta PNA_99_6__leuD.fasta nta_A。序列 PANS_1_2__ntaA.fasta PANS_4_2__ntaA.fasta PNA_02_12__ntaA.fasta PNA_07_7__ntaA.fasta PNA_18_9S__ntaA.fasta PNA_98_12__ntaA.fasta PNA_99_6__ntaA.fasta
我尝试使用以下脚本将所有以名称 PANS_1_2 开头的 fasta 文件连接到输出文件中
for sample in *.seq;do
echo -en $sample
cat *.seq/PANS_1_2*.fasta
done > xyz
然而,该脚本在输出文件中多次返回序列。
答案1
cat *.seq/PANS_1_2*.fasta > xyz
已连接所有fasta
文件。for
循环将其乘以文件数seq
。