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如果输出已存在则跳过该行

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如果输出已存在则跳过该行

我有一个在 CentOS 机器上运行的脚本，它对 txt 文件的每一行执行某些操作，最后为每一行生成一个输出文件。脚本已停止，我应该再次运行它，但添加一个选项，不对已创建输出文件的文件行重复操作。我怎样才能做到这一点？

这是脚本：

while IFS=READ -r file; do 
    dir1=${file: -5:1} 
    dir2=${file#*_*_}
    protein=$dir2.pdb
    pock=$file.pdb 
    output=$file.txt 
    cd $dir1 
    cd $dir2 
    /path/to/executable -ps -i $protein -gl $pock -o /path/to/$output 
    cd .. 
    cd .. 
done < /path/to/input.txt

答案1

首先，正如 terdon 在评论中指出的那样，在IFS=和之间需要一个空格read（并且read命令应该是小写）：

while IFS= read -r file; do

现在，对于您的实际问题：如果目标是在输出文件已存在的情况下跳过，您可以在设置之后output但在cd命令之前将其添加到循环中：

if [ -e "/path/to/$output" ]; then
    continue    # the output file already exists, so skip re-creating it
fi

该continue命令将跳过循环迭代的其余部分，直接进入列表中的下一行/文件。顺便说一句，请注意，我在路径两边加上了双引号，因为它包含变量引用。双引号变量引用几乎总是一个好主意。

如果可能的话，我还建议避免cd在脚本中使用；如果由于任何原因失败，脚本的其余部分将变得混乱并在错误的目录中运行。如果可以的话，只需使用显式路径：

/path/to/executable -ps -i "$dir1/$dir2/$protein" -gl "$dir1/$dir2/$pock" -o "/path/to/$output"

如果由于某种原因这不起作用（例如可执行文件的工作目录实际上必须是文件所在的目录），至少只执行一个cd命令，如果失败，不要尝试执行或cd返回，因为它是不会工作：

if ! cd "$dir1/$dir2"; then
    echo "Error changing into $dir1/$dir2; we're going to have to skip this one." >&2
    continue    # skip ahead to the next line/file
fi

/path/to/executable -ps -i "$protein" -gl "$pock" -o "/path/to/$output"

if ! cd ../..; then
    echo "Error getting back to main directory. Unable to continue" >&2
    exit 1
fi

顺便提一句，shellcheck.net是检查脚本完整性的好工具，并且会指出常见错误，例如未双引号变量引用和未检查cd命令错误。

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