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运行 .sh 脚本时出现意外标记“(”附近的语法错误

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运行 .sh 脚本时出现意外标记“(”附近的语法错误

错误如下：

merge_star.sh: line 19: syntax error near unexpected token `('
merge_star.sh: line 19: `cat <(cat ~/asn_project/alignment_sorted/tmp/header.txt | sed 's/ /\t/g') ~/asn_project/alignment_sorted/tmp/tmp.out > ~/asn_project/alignment_sorted/STAR_counts.txt'

有问题的 .sh 脚本中的行：

cat <(cat ~/asn_project/alignment_sorted/tmp/header.txt | sed 's/ /\t/g') ~/asn_project/alignment_sorted/tmp/tmp.out > ~/asn_project/alignment_sorted/STAR_counts.txt

#!/bin/bash
# create header file
echo gene_name $(cd ~/asn_project/alignment_sorted && ls *_ReadsPerGene.out.tab | sed s/_ReadsPerGene.out.tab// | sort -u) > ~/asn_project/alignment_sorted/tmp/header.txt

# Place each sample's STAR gene count file - ReadsPerGene.out.tab in the tmp/ directory 
# The 2nd column (-f2) of ReadsPerGene.out.tab contains the non-stranded counts
for sample in $(cd ~/asn_project/alignment_sorted && ls *_ReadsPerGene.out.tab | sed s/_ReadsPerGene.out.tab// | sort -u)
do 
    echo ${sample}
    cat ~/asn_project/alignment_sorted/${sample}_ReadsPerGene.out.tab | tail -n +5 | cut -f2 > ~/asn_project/alignment_sorted/tmp/${sample}.count
done

# get a list of gene ids (-f1)
tail -n +5 ~/asn_project/alignment_sorted/N_1_ReadsPerGene.out.tab | cut -f1 > ~/asn_project/alignment_sorted/tmp/geneids.txt

# combine all the columns of the count files
paste ~/asn_project/alignment_sorted/tmp/geneids.txt ~/asn_project/alignment_sorted/tmp/*.count > ~/asn_project/alignment_sorted/tmp/tmp.out

# add the header
cat <(cat ~/asn_project/alignment_sorted/tmp/header.txt | sed 's/ /\t/g') ~/asn_project/alignment_sorted/tmp/tmp.out > ~/asn_project/alignment_sorted/STAR_counts.txt

# remove the tmp folder
rm -rf ~/asn_project/alignment_sorted/tmp

我对 .sh 脚本编码很陌生，我不知道错误告诉我要修复什么。任何帮助表示赞赏。

答案1

在评论中你说您正在使用 运行此脚本sh merge_star.sh。这意味着您正在用来sh运行脚本，但第一行 ( #!/bin/bash) 意味着它是为bash.在某些系统上sh和bash是相同的，但在其他系统上则不同；并且，当作为 调用时sh，Bash 会关闭一些非 POSIX 功能，包括（对于 5.0 以下的版本）进程替换 ( <(...))。因此，使用正确的 shell 和正确的调用非常重要。

使用bash merge_star.sh或更好的是，使脚本可执行（chmod a+x merge_star.sh），然后直接运行（./merge_star.sh）

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