☰

用于读取多个文件的 Bash 脚本

tag-icon • tag-icon shell-script parallelism r qsub
用于读取多个文件的 Bash 脚本

我有多个 R 脚本需要读取（最多 3 个，即 tr1.R、tr2.R、tr3.R）。
下面给出了读取单个脚本的bash脚本

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=10,walltime=00:05:00
#PBS -M 
#PBS -m e
module load R/4.0
Rscript ~/tr1.R

我按照建议尝试了以下操作@cas

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=10,walltime=00:05:00
#PBS -M 
#PBS -m e
module load R/4.0
**Rscript ~/tr"$i".R**

此外，作业是使用提交的

for i in {1..3} ; do
  qsub -o "default.$i.out" -e "errorfile$i" -v i script.sh
done

这个无法读取Rscript ~/tr"$i".R。

答案1

这又快又脏：

#!/bin/bash

echo -e "Printing script.......\n"

y=0
for (( y=0; y <= 9; y++ ))
do
   echo "file tr$y.R contents: "
   cat tr$y.R
   echo ""   
done

答案2

在 R 中像这样解决这个问题怎么样？

组合.R:

source (tr1.R)
source (tr2.R)
source (tr3.R)

或者像这样。

组合.R:

for (i in c(1:9)) {
    filename <- paste ("tr", i, ".R", sep="")
    if (file.exists (filename)) {
        source (filename)
    }
}

然后你可以加载combined.R：

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=10,walltime=00:05:00
#PBS -M 
#PBS -m e
module load R/4.0
Rscript ~/combined.R

哦，我现在明白你想并行运行作业了。我发布的解决方案没有并行运行作业，但我将把答案留在这里。也许有人会觉得它有用。也许你可以应用类似这样的方法https://www.blasbenito.com/post/02_parallelizing_loops_with_r/或这个https://stackoverflow.com/questions/38318139/run-a-for-loop-in-parallel-in-r。

相关内容