我的文件中有一系列标题，其名称如下：
grep ">scaffold_3" DM_v6.1_unanchoredScaffolds.fasta
>scaffold_3
>scaffold_303
>scaffold_31
>scaffold_34
>scaffold_36
>scaffold_37
>scaffold_39
>scaffold_33
>scaffold_300
我只想选择第一个，所以我尝试了：
$ grep ">scaffold_3 " file.fasta
$
$ grep ">scaffold_3[[:blank:]]" file.fasta
$
$ grep ">scaffold_3\t" file.fasta
$
$ grep ">scaffold_3\ " file.fasta
$
$ grep ">scaffold_3 " file.fasta
$
$ grep ">scaffold_3[[:space:]]" file.fasta
$
$ grep ">scaffold_3$" file.fasta
>scaffold_3
鉴于名称后面的字符可能是空格、制表符、换行符（也可能来自 Windows），并且这[[:space:]]不起作用，我怎样才能获得确切的名称而不是同义词？
谢谢
答案1
如果您知道文本后面没有空格，那就grep ">scaffold_3$"对了。
或者更确切地说，使用单引号，因为$在双引号内是特殊的，并且如果您也想锁定行的开头，则添加^或使用grep -x.所以grep '^>scaffold_3$'或者grep -x '>scaffold_3'
（-x是--line-regexp：强制 PATTERN 仅匹配整行）
如果行尾可以有空格并且想忽略任何空格，那么
grep -e '>scaffold_3[[:space:]]*$'
将匹配字符串和行尾之间任意数量的可选空格。 （并且也会接受匹配，无论它在行中的哪个位置开始。）
请注意，如果文件可以具有 Windows 样式的 CRLF 行结尾，那么>scaffold_3$将不是这样做，最后的 CR 将与模式不匹配。
答案2
如果我理解正确，您只想在文件的第一个条目中得到结果。
您可以 grep 查找该字符串的精确匹配
grep -w ">scaffold_3" file.fasta