我有两个 vcf 文件，一个包含有 TP53 突变的样本，另一个包含没有 TP53 突变的样本。没有突变的vcf是对照，有突变的vcf是情况。如何将这两个文件组合成可以由 plink 1.9.0 中的 --assoc 函数处理的文件？
答案1
我不确定我是否明白你想做什么，但我认为你需要的是合并两个文件。您需要使用 tabix 对它们进行索引，然后尝试：
bcftools merge file1.vcf.gz file2.vcf.gz -o merged_files.vcf.gz
然后我会尝试：
plink --vcf merged_files.vcf.gz --assoc [params]
如果这不能回答您的问题，请尝试概述您的输入是什么以及您的输出 VCF 应该是什么样子。