用于读取多个文件并运行它们的 Linux Shell 脚本

Question

我正在使用 centos 集群，在其中运行 LAMMPS 软件进行模拟。现在我必须在一个文件夹中运行多个文件，现在每个文件都有类似类型的子文件，即它们包含 3 个文件 1. 输入数据文件（file.restart.3500000） 2. 脚本（in.open） 3. PBS 文件（to在子节点而不是主节点上运行代码）。

我的需要是使用单个命令运行文件夹中的所有文件，该命令过于并行而不是串行。即我希望系统同时运行所有文件，而不是第一个文件完成后启动第二个文件。

目前，我必须转到各个文件夹并运行脚本，这非常耗时，因为我必须执行多个文件。

要运行该文件，我在文件夹中发出“ qsub runme.pbs ”命令一次。由于所有文件的内容都是相同的，所以可以对此做些什么吗？

PS：- 我只是 Linux 这个领域的初学者，所以任何帮助都会非常有用。

Answer 1

您可以使用一个简单的 for 循环来运行它们，如下所示：

cd /path/to/wherever
for d in D_[0-9]*/; do
  cd "$d"
  qsub runme.pbs
  cd ..
done

qsub将每个作业提交到作业队列，集群将按照调度程序允许的方式运行它们。

或者，使用pushd "$d"andpopd代替cd "$d"and cd -。

qsub在后台运行每个程序可能会有一些微小的好处（使用qsub runme.pbs &），但可能不会，这更有可能使调度程序超载，同时处理太多工作并减慢速度。