☰

''错误：第 1 行的元素少于 2'' 在 Linux 的 gcta 中

tag-icon • tag-icon linux
''错误：第 1 行的元素少于 2'' 在 Linux 的 gcta 中

我正在尝试使用 GCTA 制作 GRMhttps://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/#MakingaGRM。

我正在使用约 10,000 人的遗传 .bim .bed .fam 风格数据。我有一个 .txt 文件，其中包含用于制作 GRM 的 ID。这是文件顶部的示例：

184756782736_R06C02
847590372877_R03C02
758697857466_R03C02
102938475999_R05C01
176766475869_R08C02
398987586666_R06C02

我尝试将它们作为列中的列表进行排序，但也以空格和制表符分隔。我的代码是 [其中 data = data.fam 且 file.txt 是要保留/保留的 ID 的 .txt 文件]：

gcta64 --bfile /data --keep file.txt --maf 0.01  --make-grm --out out_file

但是，当我运行我的代码时，出现错误：

Error: the subject list file [file.txt], line 1 has elements less than 2

我假设主题列表文件是 ID 为 [file.txt] 的文件。

这表明我使用了正确的方法，所以我认为这一定是数据/Linux 问题？ https://cnsgenomics.com/data/teaching/STAT7306/2019/Practical/Practical_partF.pdf

当我用谷歌搜索时，什么也没有出现。

有没有人有什么建议？非常感谢。

相关内容