我正在尝试使用 GCTA 制作 GRMhttps://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/#MakingaGRM。
我正在使用约 10,000 人的遗传 .bim .bed .fam 风格数据。我有一个 .txt 文件,其中包含用于制作 GRM 的 ID。这是文件顶部的示例:
184756782736_R06C02
847590372877_R03C02
758697857466_R03C02
102938475999_R05C01
176766475869_R08C02
398987586666_R06C02
我尝试将它们作为列中的列表进行排序,但也以空格和制表符分隔。我的代码是 [其中 data = data.fam 且 file.txt 是要保留/保留的 ID 的 .txt 文件]:
gcta64 --bfile /data --keep file.txt --maf 0.01 --make-grm --out out_file
但是,当我运行我的代码时,出现错误:
Error: the subject list file [file.txt], line 1 has elements less than 2
我假设主题列表文件是 ID 为 [file.txt] 的文件。
这表明我使用了正确的方法,所以我认为这一定是数据/Linux 问题? https://cnsgenomics.com/data/teaching/STAT7306/2019/Practical/Practical_partF.pdf
当我用谷歌搜索时,什么也没有出现。
有没有人有什么建议?非常感谢。