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使用什么代码来查看 Unix 运行blastn需要多长时间

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使用什么代码来查看 Unix 运行blastn需要多长时间

我刚刚运行了以下 foreach：

for file in *.fa
do
  echo working on $file !
  blastn -db ../lotus-date -query $file > $file.blastn
  echo finished $file
done

有没有办法推断出这段代码完成后运行需要多长时间？

答案1

如果您知道启动脚本的大致时间，您可以将其与循环中最后一次迭代写入的输出文件的最后修改时间进行比较。

查看此命令的最后一行以查看最近修改的blastn输出文件的日期/时间

ls -ltr *.fa.blastn

答案2

您可以在脚本开始时使用 获取当前 UNIX 时间（以秒为单位）date +%s，然后打印stdout该时间与脚本结束时的时间之间的差值：

start="$( date +%s )"

for file in *.fa
do
  echo working on $file !
  blastn -db ../lotus-date -query $file > $file.blastn
  echo finished $file
done

printf '%s\n' "Code took $(( $( date +%s ) - $start )) seconds to run."

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