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批量重命名文件名，包括旧文件名的一部分

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批量重命名文件名，包括旧文件名的一部分

我有以下文件列表；

11F.fastq.gz
11R.fastq.gz
12F.fastq.gz
12R.fastq.gz

我想将这些文件名重命名为以下内​​容；

11_S11_L001_R1_001.fastq.gz
11_S11_L001_R2_001.fastq.gz
12_S12_L001_R1_001.fastq.gz
12_S12_L001_R2_001.fastq.gz

我尝试reanme如下

rename 's/F.fastq/_S_L001_R1_001.fastq/' *.gz
rename 's/R.fastq/_S_L001_R2_001.fastq./' *.gz

但我不太知道如何在“S”后面添加文件编号（在本例中为 11 和 12）。任何指示将不胜感激。

答案1

zsh有自己的内置批量重命名工具：zmv可作为自动加载功能使用。

autoload -Uz zmv
typeset -A map=(F 1 R 2)
zmv -n '(<->)([FR])(.fastq.gz)' '${1}_S${1}_L001_R$map[$2]_001$3'

（-n如果满意，请删除（空运行））。

或者使用标量map=FR并使用该字符串中字母的索引进行替换：

map=FR
zmv -n "(<->)([$map])(.fastq.gz)" '${1}_S${1}_L001_R$map[(Ie)$2]_001$3'

答案2

和珀尔的rename命令行，您可以捕获变量部分 ( (...)) 并使用反向引用 ( $1)：

rename -n 's/(\d+)F\.fastq/$1_S$1_L001_R1_001.fastq/' *F.fastq.gz
rename -n 's/(\d+)R\.fastq/$1_S$1_L001_R2_001.fastq/' *R.fastq.gz

-n如果您对输出满意，请删除。

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