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搜索包含 CSV 文件中列出的模式的文件夹并将其复制到另一个位置

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搜索包含 CSV 文件中列出的模式的文件夹并将其复制到另一个位置

我有数千个文件夹，其中包含文件，我想将其中一些复制到另一个目录中。我有一个.csv包含两列的文件，其中包含文件夹名称的一部分（该文件夹包含一个字符串值或另一个字符串值，而不是两者都包含）。

  • 文件夹名称示例： 
    PLASMA_32150129_B5/
PLASMA_AAA3891784_B3/
...
  • CSV 文件没有标题，字段之间用 分隔,： 
    32150129,AAA0616938
32140203,AAA3891784
32140204,AAA0617237
32140205,AAA0617261
32140206,AAA0617285
...
  • 我发现这个小脚本作为起点： 
    while IFS=, read -r file rest
do
  find /path/to/Main_directory -type d -name "${file}" -exec cp '{}' /path/to/New_directory/ \;
done < mylist.csv

现在我需要指定

  • csv 值只是一个模式（如*_32150129 _*），并且
  • 我想首先尝试第一列中的模式，如果没有生成匹配项，请尝试使用另一列。

这可能吗？

谢谢你！

答案1

假设只有一列可以实际匹配，“或”类型的方法可能是可能的。为此，只需对脚本进行少量修改：

while IFS=, read -r pattern1 pattern2
do
   find /path/to/start -type d \( -name "*_${pattern1}_*" -o -name "*_${pattern2}_*" \) -exec cp -r '{}' /path/to/target \;
done < filelist.csv
  • 操作员-o将确保两个名称模式中的任何一个生成匹配。只要两者不能匹配（请参阅先决条件），这将相当于“如果第一个不存在，则第二个”
  • 括号（转义以防止 shell 解释）用于确保正确的运算符优先级。
  • 将 shell 参数放在-name双引号中将确保*保留从字面上看就在那里无需进行全局扩展（这是必要的，以便find在搜索期间执行模式匹配，而不是在将其传递给之前的外壳find），同时仍然允许外壳变量${pattern1}和${pattern2}进行扩展。
  • 如果您想要复制目录及其内容，则必须使用-r选项。cp

答案2

最简单、最粗暴的方法，如果你曾经有过，应该会起作用一匹配文件中的每个模式，就是让 shell 完成工作：

tr , '\n' < mylist.csv  | 
    while read pat; do cp -r source_dir/*"$pat"* target_dir/ 2>/dev/null; done

首先将所有,内容转换file.csv为换行符：

$ tr , '\n' < file.csv
32150129
AAA0616938
32140203
AAA3891784
32140204
AAA0617237
32140205
AAA0617261
32140206
AAA0617285

然后，我们将每个模式读入变量$pat，然后盲目地将source_dir/*$pat*（即source_dir/匹配中的任何内容$pat）复制到目标目录。如果没有匹配，则不会复制任何内容，并且我们会收到一条错误消息，我们可以使用 丢弃该消息2>/dev/null。

对于更复杂的方法，你可以做这样的事情：

## make sure we don't match the glob pattern itself when no matching
## directories are found
shopt -s nullglob

mainTargetDir=/path/to/Main_directory
sourceDir=/path/to/start
while IFS=, read -r f1 f2; do 
    sourceFiles=("$sourceDir"/*"$f1"* "$sourceDir"/*"$f2"*)
    [ -z "${sourceFiles[@]}" ] || 
        cp -r -- "${sourceFiles[@]}" $mainTargetDir 
done < file.csv

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