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在 while 循环中的变量中添加函数

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在 while 循环中的变量中添加函数

我正在编写运行软件的脚本。我正在尝试在 while 循环中添加函数来修剪变量中的文本，以便它可以在命令的其他部分中作为变量应用。但添加该功能的正确方法应该是什么？

--msa这是仅运行一个文件时的工作代码。

while read -r i; do 
    raxml-ng --msa ../C049.laln_1l --model $i --prefix C049-rT; 
done < ../C049.model

简单介绍一下，我使用的软件是 raxml-ng，运行该软件的参数是由--msa、--model、 和--prefix文件中的每一个设置的。对于每个--msa文件，它们都有相应的--model和--prefix.我将它们命名为相同的名称以简化脚本编写。例如，需要与和C049.laln_1l匹配。C049.modelC049-rT

如上面的示例所示，如果我有其他--msa具有相同扩展名的文件，我可以循环该命令，如下所示：

while read -r i; do 
    while read -r j; do
        raxml-ng --msa ../$i.laln_1l --model $j --prefix $i-rT; 
    done < ../$i.model
done < msalist

现在我有一个要运行的文件列表--msa（在 中列出msalist），其中一些具有不同的文件扩展名。

该msalist文件包含：

C049.laln_1l
C092.laln_1l
C016.laln_1l
gc30_part.cseq
gc3f.glist.cseq...

我命名了model并prefix仅使用第一个 之前的文本.。

例如。参数列表model：

C049.model
C092.model
C016.model
gc30_part.model
gc3f.model...

参数的情况也是一样prefix。

因此，当编写 bash 脚本来循环查找--msa中的所有文件时msalist，我尝试使用 do"$( sed 's/\..*//g' "$i" )".model来C049.model代替C049.laln_1l.model.但这似乎不起作用。

trees=$2
threads=$3

while read -r i; do
        while read -r j; do
                raxml-ng --msa ../"$i" --model "$j" --prefix "$( sed 's/\..*//g' "$i" )"-rT;
        done < ../"$( sed 's/\..*//g' "$i" )".model;
done < "$alnlist"

如何修剪文本msalist以便 和--model阅读--prefix？

答案1

要在任何 POSIX shell 中获取第一个之前的部分.，您可以执行${var%%.*}.所以在这里：

while IFS= read -r i; do
  prefix=${i%%.*}
  while IFS= read -r j; do
    raxml-ng --msa ../"$i" --model "$j" --prefix "$prefix-rT";
  done < "../$prefix.model";
done < "$alnlist

另请注意读取一行的语法是IFS= read -r line, not read -r line。

在这里，你还可以这样做：

while IFS=. read -r prefix rest; do
  while IFS= read -r j; do
    raxml-ng --msa ../"$prefix.$rest" --model "$j" --prefix "$prefix-rT";
  done < "../$prefix.model";
done < "$alnlist

如果您想使用sed删除以第一个开头的所有内容.，请首先注意sed 's/\..*//'删除.后跟任意数量的字符其输入的每一行，而不是整个输入，并且您需要将 的内容$i作为输入传递，而不是作为参数传递。sed将其参数视为要从中读取输入的文件名，因此：

printf '%s\n' "$i" | sed 's/\..*//'

例如。尽管要删除整个输入中从第一个开始的所有内容.，但最好是：

printf '%s\n' "$i" | sed '
  :1
  $!{
    # except on the line line, append the next line to the
    # pattern space and loop
    N
    b1
  }
  s/\..*//'

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