在 python 脚本中使用 PyMOL API 并使用 Python 运行它们

Question

我的 Linux 机器上已经安装了 PyMOL。我知道它已安装，因为当我编写pymol -cp pymol_api_test.py脚本时会执行。

但是，我不想使用pymol命令执行脚本。我想使用python3命令运行脚本。

以下是我的脚本：

import pymol
from pymol import cmd

print(cmd.align("/home/bbq_spatial/bbq_input_pdb/pdb1a6j.pdb",  
                "/home/bbq_spatial/bbq_output_pdb/pdb1a6j.pdb", 
                cycles=0, transform=0))

当我使用以下命令调用它时它不会运行python3：

user_name@server_name:~$ nano pymol_api_test.py
user_name@server_name:~$ python3 pymol_api_test.py
Traceback (most recent call last):
  File "pymol_api_test.py", line 1, in <module>
    import pymol
ModuleNotFoundError: No module named 'pymol'
user_name@server_name:~$

我该如何解决这个问题？