重命名生物信息学中的multifasta文件头

Question 1

您可以简单地使用sed 而不使用less.您还可以编辑该文件到位而不将输出重定向到新文件。

你的sed命令将变成：

sed -i'.bak' 's/\(.*\)\t/>\1\n/g' file1.fa

或者如果您不想编辑到位您可以使用：

sed  's/\(.*\)\t/>\1\n/g' file1.fa > file2.fa

Answer

您可以简单地使用sed 而不使用less.您还可以编辑该文件到位而不将输出重定向到新文件。

你的sed命令将变成：

sed -i'.bak' 's/\(.*\)\t/>\1\n/g' file1.fa

或者如果您不想编辑到位您可以使用：

sed  's/\(.*\)\t/>\1\n/g' file1.fa > file2.fa

Question 2

使用乐（以前称为 Perl_6）

raku -pe 's/^ (<:Ll>+) (\s) />$0\n/;'   

#OR

raku -pe 's/^ <((<:Ll>+) (\s))> <:Lu>+ />$0\n/;'

这些答案使用 Raku 的:Ll（Unicode 字母小写）和:Lu（Unicode 字母大写）字符类定义：

https://docs.raku.org/language/regexes#Unicode_properties

如果您愿意，可以简单地替换\S+为表示一个或多个非空白字符。您还可以更改\s为更具体的\t令牌。

在第二个示例中，Raku 的<(...)>捕获标记指示 Raku 删除匹配对象之外的所有内容，因此<:Lu>+在替换中会匹配（但不会删除）。

输入示例：

abc MFSKPTKAPLNKGQEAVAKEFFDFLLDPNATEFNISGPGGTGKTFLMSHLIDDTMPA
cef AFSKPTKAPLNKGQEAVAKEFFDFLLDPNATEFNESGPGGTGKTFLMSHLIDDTMFA
rig AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGEGKFKKKKKSKKKKKKKKKKKKKKKKKKK

示例输出：

>abc
MFSKPTKAPLNKGQEAVAKEFFDFLLDPNATEFNISGPGGTGKTFLMSHLIDDTMPA
>cef
AFSKPTKAPLNKGQEAVAKEFFDFLLDPNATEFNESGPGGTGKTFLMSHLIDDTMFA
>rig
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGEGKFKKKKKSKKKKKKKKKKKKKKKKKKK

https://docs.raku.org/language/regexes
https://conf.raku.org/talk/156
https://raku.org

Answer