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修改gff坐标而不改变CDS和外显子坐标

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修改gff坐标而不改变CDS和外显子坐标

我正在尝试改变 gff 中基因和 mRNA 的坐标。我希望 CDS 和 mRNA 等其他条目不受我的代码影响，并且仍按原样列在我的输出中。我使用的代码给了我语法错误。需要知道如何获得所需的输出。

我的输入gff：

Chr01  xyz     gene    210262  212819  .       -       .       ID=Chr01.g13944
Chr01  xyz     mRNA    210262  212819  .       -       .       ID=Chr01.g13944;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210262  210528  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210262  210528  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon4;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210622  210728  .       -       2       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210622  210728  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon3;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210933  212121  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210933  212121  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon2;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     212730  212819  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz    exon    212730  212819  .       -       .       ID=Chr01B.g13944.exon1;Parent=Chr01B.g13944

期望的输出：

Chr01  xyz     gene    210162  212919  .       -       .       ID=Chr01.g13944
Chr01  xyz     mRNA    210162  212919  .       -       .       ID=Chr01.g13944;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210262  210528  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210262  210528  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon4;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210622  210728  .       -       2       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210622  210728  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon3;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210933  212121  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210933  212121  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon2;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     212730  212819  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz    exon    212730  212819  .       -       .       ID=Chr01B.g13944.exon1;Parent=Chr01B.g13944

awk -F '\t' '{if ($3 ~ /gene/ || $3 ~ /mRNA/) print $1,$2,$3,$4-100,$5+100,$6,$7,$8,$9 || if ($3 ~ /CDS/ || $3 ~ /exon/) print$0}' input.gff > out.gff

答案1

尝试：

awk 'BEGIN{ FS=OFS="\t" }
 ($3=="gene" || $3=="mRNA"){ $4-=100; $5+=100 }1' infile

这只会改变“基因”和“mRNA”类型基因组的坐标，而其他类型保持不变。

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