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bash中的for循环在目录中输入一个新文件

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bash中的for循环在目录中输入一个新文件

背景信息：我正在运行 Prokka（作为一名生物信息学新手，没有 Prokka，也很少有 Bash 经验），并且我有多个 FASTA 文件。

有人告诉我需要生成一个 Bash 循环，允许我一一输入 FASTA 文件。

例如：包含所有 FASTA (.fna) 文件的目录名为 StaphFNA，其中有 1000 个 FASTA 文件。它们都以 ID 号命名 - 但并不像正常情况那样递增（因此它们不是编号为 1、2、3 等）存在随机跳跃，例如，第一个是 34872，下一个是 8933。

我需要输入 StaphFNA 中的第一个 FASTA 文件，在 Prokka 中处理，然后输出到名为“StaphProkka”的文件，然后第二个 FASTA 文件经历相同的过程 - 再次输出到“StaphProkka”。如此下去，直到所有 1000 个都完成。

正如你可以想象的，这样做 1000 次有点费力，所以我希望做一个循环，但我对 bash 很陌生，我很挣扎。

我的 Prokka 论点（我认为是正确的）：

prokka /Users/me/Documents/StaphFNA --outdir StaphProkka --prefix staph_aur --kingdom bacteria --locusting staphylococcus

我的 For 循环（我知道这是错误的）：

i = 0
for i in StaphFNA/.fna*; do
    prokka /Users/me/Documents/StaphFNA/$i --outdir StaphProkka --prefix staph_aur --kingdom bacteria --locusting staphylococcus
i = i + 1
done

答案1

如果您不需要指定输出文件并且 prokka 根据其输入生成不同名称的文件，您所需要的只是：

for file in /Users/me/Documents/StaphFNA/*.fna; do
    prokka "$file" \ 
        --outdir StaphProkka \
        --prefix staph_aur \
        --kingdom bacteria \
        --locusting staphylococcus 
done

该for variable in dir/*模式将迭代中的每个文件或目录dir/并将其路径名保存为$variable，因此您不需要计数器或其他任何东西。如果您确实需要使用计数器，例如处理file1.fa等file2.fa，并且不想也处理otherfile.fa，您会像这样（注意 周围缺少空格=，这很重要）：

for ((i=0; i<=10; i++)); do
    someCommand "file${i}.fa"
done

或者，如果您需要显式增加计数器（这种情况很少见），您可以这样做：

i=0
while [ "$i" -le 10 ]; do
    echo someCommand "file${i}.fa"
    (( i++ ))
done

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