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Unix。在特定文件的多个目录中运行脚本，其中路径名具有正则表达式

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Unix。在特定文件的多个目录中运行脚本，其中路径名具有正则表达式

我想制作一个 bash 脚本（split.sh），它迭代具有相同后缀的多个目录，然后针对其中的特定文件运行一个函数。我快到了：

#!/bin/bash
path="/mypath/MAP-9-[0-9][0-9][0-9]"

for filename in $path/*bam; do
    [ -e "$filename" ] || continue
    echo $filename
        for chrom in `seq 1 22` X Y
        do
        samtools view -bh $filename $chrom > $path/$chrom.bam
        samtools index > $path/$chrom.bam; 
        done
done

但是，我收到很多此类消息：“split.sh：第 12 行：/mypath/MAP-9-[0-9][0-9][0-9]/6.bam：没有这样的文件或目录”

问题是脚本无法识别路径名的“[0-9][0-9][0-9]”正则表达式部分。我还尝试在方括号中添加转义字符，但没有成功。这一定是一个非常简单的解决方案，但我无法解决它。

这是 tree 命令输出的摘录：

|-- [[
|-- MAP-9-001
|   |-- MAP-9-001.bam
|   `-- MAP-9-001.bam.bai
|-- MAP-9-003
|   |-- MAP-9-003.bam
|   `-- MAP-9-003.bam.bai
|-- MAP-9-005
|   |-- MAP-9-095.bam
|   `-- MAP-9-095.bam.bai
|-- split.sh

答案1

不要与globvs regex（您glob在此处使用的）混淆：

Glob 是 shell 模式，可用于匹配字符串或扩展路径名：

[[ $name = Bob* ]]
rm *.txt

看http://mywiki.wooledge.org/glob

脚本的更正版本：

#!/bin/bash

for filename in /path/MAP-9-[0-9][0-9][0-9]/*bam; do
    [[ -e $filename ]] || continue
    echo "$filename"
    for chrom in {1..22} X Y; do
        samtools view -bh "$filename" "$chrom" > "$(dirname "$filename")/$chrom.bam"
        samtools index "$(dirname "$filename")/$chrom.bam"
    done
done

学习如何在shell中正确引用，这非常重要：

“双引号”包含空格/元字符的每个文字以及每一个扩张："$var"，"$(command "$var")"，"${array[@]}"，"a & b"。用于'single quotes'代码或文字$'s: 'Costs $5 US'，ssh host 'echo "$HOSTNAME"'.看
http://mywiki.wooledge.org/Quotes
http://mywiki.wooledge.org/Arguments
http://wiki.bash-hackers.org/syntax/words
何时需要双引号

[[是一个 bash 关键字，类似于（但比）[命令更强大。看http://mywiki.wooledge.org/BashFAQ/031和http://mywiki.wooledge.org/BashGuide/TestsAndConditionals。除非你是为 POSIX sh 编写，否则我建议[[

答案2

/mypath/MAP-9-[0-9][0-9][0-9]/*.bam是一个 shell glob，或者文件名扩展表达。它扩展为匹配文件列表 - 您可以使用它来迭代输入文件，但您不能指望它作为“每次迭代”通配符来生成相应的输出文件。我认为您可能想要的是从相应的循环变量生成每个输出文件$filename，如下所示：

#!/bin/bash

shopt -s nullglob

for filename in /mypath/MAP-9-[0-9][0-9][0-9]/*.bam; do
    [ -e "$filename" ] || continue
    echo "$filename"
    for chrom in {1..22} X Y; do
        samtools view -bh "$filename" "$chrom" > "${filename%/*}/${chrom}.bam"
        samtools index > "${filename%/*}/$chrom.bam"
    done
done

贝壳参数扩展 ${filename%/*}扩展为 的值$filename并删除最短的尾随子字符串/*；因此，它为您提供每个输入文件的目录名，然后您可以在其中添加 来$chrom.bam依次形成每个输出文件。

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