计算 grep 搜索之间的字符数

Question

有没有办法可以将 grep 命令与一系列其他命令结合使用来查找字符序列（即 fasta 文件中的“GAATTC”）并计算每次匹配之间有多少个字符？

Answer 1

输入文件

cat file
GAATTCXXXGAATTC

带外壳（GNU grep）：

grep -oP 'GAATTC\K.*(?=GAATTC)' file | tr -d $'\n' | wc -c
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正则表达式匹配如下：

节点	解释
GAATTC	'GAATTC'
\K	重置比赛的开始（什么是Kept）作为使用后视断言的更短替代方案：环顾四周和正则表达式中对 \K 的支持
.*	除 \n 之外的任何字符（0 次或多次（匹配尽可能多的数量））
(?=	展望看看是否有：
GAATTC	'GAATTC'
)	前瞻结束

和awk:

awk -F'GAATTC' '{print length($2)}' file
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和珀尔:

perl -nE 'say length $1 if /GAATTC(.*)GAATTC/' file
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