如何在shell脚本中执行系统函数内部的函数？

Question 1

awk 是一个操作文本的工具，而不是一个对其他工具进行排序调用的工具 - 这就是 shell 的用途。您没有提供要测试的文本输入/输出，所以这是一个未经测试的猜测，但我认为您需要做的就是您的代码显然试图做的就是这个 shell 循环（假设IFS未设置或未修改）：

while read -r _ file; do
    convert "$file" "$output_folder/fastq.txt"
done < <(tail -n +2 meta.txt)

如果您出于某种原因确实想要使用 awk 进行调用，convert那么它是：

output_folder="$output_folder" \
awk '
    BEGIN { outfold = ENVIRON["output_folder"] }
    NR>1{ system("convert \047" $2 ("\047 \047" outfold "/fastq.txt\047") }
' meta.txt

但这会在每次调用 system() 时生成一个子 shell，因此对于使用 awk 来说速度太慢而没有任何好处。

看如何在 awk 脚本中使用 shell 变量有关我如何使用ENVIRON[]或替代方案的更多信息（如果您的 awk 变体不支持ENVIRON[].

至于为什么你会收到除以零的错误 - 你里面的代码system()是：

"convert " $2 $output_folder/"fastq.txt"

其中output_folder可能包含一些非数字字符串，因此如果您运行，gawk --lint您会收到如下警告消息：

warning: attempt to field reference from non-numeric value

关于这一点，但是你有/一个除法运算符，后跟文字字符串"fastq.txt"，如果它被视为数字（如本例），则相当于零，因此“除以零”。

关于您的评论和更新的问题：

更改问题中的该函数：

function convert {
    INPUT=$1
    OUTPUT=$2

    INPUT_R=0
    if [ "${INPUT: -3}" == ".gz" ]; then
        INPUT_S=1
    fi
    if [[ $INPUT_R -eq 1 ]]; then
        gunzip -c ${INPUT} > ${OUTPUT}
    else
        cp -v ${INPUT} ${OUTPUT}
    fi
    chmod ug+rw ${OUTPUT}
}

解决它的问题（其中一些http://shellcheck.net会告诉你 - 总是在你的脚本上运行它，直到你更熟悉 shell）：

#!/usr/bin/env bash

convert() {
    local input=$1 output=$2

    if [[ $input = *.gz ]]; then
        gunzip -c -- "$input" > "$output"
    else
        cp -v -- "$input" "$output"
    fi &&
      chmod -- ug+rw "$output"
}

output_folder='/Users/doc'

# now include this:
while read -r _ file; do
    convert "$file" "$output_folder/fastq.txt"
done < <(tail -n +2 meta.txt)

# or this at the end of the same script:
export -f convert # only works if sh is bash in your env since
                  # system() will call sh to run the command
output_folder="$output_folder" \
awk '
    BEGIN { outfold = ENVIRON["output_folder"] }
    NR>1{ system("convert \047" $2 ("\047 \047" outfold "/fastq.txt\047") }
' meta.txt

请注意，如果您希望 awk 能够在子 shell 中调用函数，则需要导出函数。您必须自己弄清楚为什么您尝试使用的输出文件不可写，但这应该很容易。

作为史蒂芬·查泽拉斯评论中指出（并感谢上面现已实施的其他评论）：

如果不能保证文件路径不包含'字符，则相当于任意命令注入漏洞。
这\47假设了一个基于 ASCII 的系统（目前这是一个相对安全的假设）。
chmod ug+rw可以通过将更改为 0 来避免umask（但无论如何，使世界可写文件听起来是一个非常糟糕的主意）。

Answer