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MacOS 发现：非法选项 -- n

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MacOS 发现：非法选项 -- n

首先，我对使用 Mac 终端和 SRA Toolkit 非常陌生。我使用以下命令使用 SRA Toolkit 从 NCBI 下载 sra 文件

prefetch -O output_directory --option-file SRR_Acc_List.txt

这有效，但我尝试用来下载 sra 文件作为 fastq 文件的命令不起作用

find -name \*.sra -exec bsub fastq-dump --split-3 --gzip {} \;

它给了我这个错误：

find: illegal option -- n
usage: find [-H | -L | -P] [-EXdsx] [-f path] path ... [expression]
       find [-H | -L | -P] [-EXdsx] -f path [path ...] [expression]

答案1

你需要给它至少一个要搜索的目录/文件。假设你想在当前工作目录中搜索，你可以使用..所以尝试一下

find . -name '*.sra' -exec bsub fastq-dump --split-3 --gzip {} \;

find通常在基于 Linux 的操作系统（GNU、busybox 或 toybox）上找到的实现find，默认使用当前目录（标准实用程序的 POSIX 规范允许但不要求的行为find），因此您可能已经看到了许多示例find -name ...在线的。

find然而， macOS (FreeBSD) 附带的版本find要求您明确指定至少一个搜索目录/文件为 或find that-file（find -f that-file后者是一个 BSD 扩展，允许传递任意文件路径，而该find that-file版本对于以-或者恰好匹配谓词名称）。

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