经历这次磨难后：标题中隐式定义的化合物（chemscheme/chemstyle/chemcompounds）
我完全删除了 TeX，并安装了 MacTeX 2011。我的文档现在可以编译，但每个方案中的每个数字都丢失了（替换为通常的?符号）。控制台中没有与此相关的明显错误，除了：
<Thesis-pics.pdf, id=2, page=1, 162.6075pt x 150.5625pt>
<use Thesis-pics.pdf, page 1> [1
Non-PDF special ignored!
Non-PDF special ignored!{/usr/local/texlive/2011/texmf-var/fonts/map/pdftex/upd
map/pdftex.map} <./Thesis-pics.pdf>]
靠近顶部。（该chemstyle包用于epstopdf生成 pdf 图像以供编译pdflatex）。此错误的每个实例似乎都是由不同的问题引起的……
编辑：文中提到的化合物效果很好......
答案1
正如 JMS 所说，对于使用 pdfLaTeX，解决方案是指定获取两次运行以获得正确编号的[runs=2]选项：auto-pst-pdf
\usepackage[runs=2]{auto-pst-pdf}