好吧，事情是这样的。12 月我写完了一篇很长的文档。我把它整理好然后去度假了。我回来后，又花了 2 个月整理好完全相同的项目没有任何改变，我得到了不同的输出。相信我，我已经改变了没有什么，甚至没有我用来编译的步骤。
不同版本的外观如下：
左边的是旧版本，右边的是新版本。我记得在创建这两个文件期间唯一发生改变的是我从 Ubuntu 12.04 升级到了 Ubuntu 12.10，仅此而已。
顺便说一下，文件正在显示Okular。您会注意到，现在每个超链接周围都有自己的矩形。现在，这到底是从哪里来的，我有完全不知道。
现在页面的位置稍微低了一点（即：顶部边距不知何故增加了），这使得总页数从 194 页增加到 203 页。
这到底发生了什么事？请帮忙。
我无法上传所有文件，因为整个项目非常庞大，但我可以上传包含大部分正在使用的包和选项的文件：这里。
我收到了与此相关的警告，hyperref我发誓以前这不是一个问题：
Package hyperref Warning: Invalid value `0'
(hyperref) for option `pdfborder'.
(hyperref) Option setting is ignored on input line 3941.
)
Package hyperref Message: Driver (autodetected): hpdftex.
PS：此外（对于使用 Linux 的用户）文件中的文本只能通过 Adobe Reader 搜索。Okular仅搜索文本里面图像（WTF！）