我输入如下:
>gi|481443199|gb|MH447771.1|
49 0 0 0 1
50 0 0 1 0
>gi|987078004|gb|RTYJ01067061.1|
412 0 0 1 0
413 1 0 0 0
>gi|557075006|gb|ERTJ01078061.1|
41 0 0 1 0
41 1 0 0 0
>gi|787073002|gb|WERJ01045061.1|
612 0 0 1 0
613 1 0 0 0
>gi|887079001|gb|WERJ01045061.1|
715 0 0 1 0
716 1 0 0 0
我想打印一些行,但跳过以 开头的所有其他行>
(以及其后的所有行,直到后续的行>
)。对于上面的示例输入,输出将是:
>gi|481443199|gb|MH447771.1|
49 0 0 0 1
50 0 0 1 0
>gi|557075006|gb|ERTJ01078061.1|
41 0 0 1 0
41 1 0 0 0
>gi|887079001|gb|WERJ01045061.1|
715 0 0 1 0
716 1 0 0 0
我怎样才能做到这一点?
答案1
要跳过所有其他> ...
块:
awk '/^>/ { p = !p } p' input.txt
p
是一个打印标志 -p
表示为 true 时打印p
,因为默认操作是print
未提供任何内容时。在 中awk
,变量一开始为空,在布尔上下文中计算结果为 false。每次> ...
到达一行时,切换p
标志。
要打印n
由行分隔的每个块> ...
:
awk -v n=200 '/^>/ { if (skip == 0) skip = n - 1; else --skip; } skip == n - 1' input.txt
这是类似的逻辑,只是因为n
不是 2,所以我们必须使用计数器而不是布尔标志。在这里,计算在再次开始打印之前要跳过skip
多少行。> ...
我使用skip == n - 1
作为打印标志作为一个捷径。
答案2
对于 awk 你可以这样做:
awk 'BEGIN{pr=true}/^>/{pr=!pr}{if (pr) {print}}'
这会为何时打印设置一个标志 (pr),该标志会在令牌的每次出现时进行切换。
答案3
$ awk '/^>/{f=f?0:1;}f' file
只需在遇到以“^”开头的行时打开和关闭标志变量即可。当它打开时,打印行,否则不打印。
答案4
对于更通用的解决方案,您可以尝试以下方法:
awk 'k%10==0{print} /^>/ {k++}' input.txt
k
每当一行以 开始时,变量都会递增>
,如果 k modulo 10 为 0,则打印该行。因此,如果您想每第 2 行打印一次,请更改k%10==0
为k%2==0
,每第 200 行将其更改为k%200==0
等等。
警告:在此版本中,将始终打印第一行。