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使用 cpssp LaTeX 绘制蛋白质的二维图像

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使用 cpssp LaTeX 绘制蛋白质的二维图像

我有一台 MacBookAir，我想用它绘制蛋白质二级结构的二维图像cpssp在 LaTeX 中。我已经安装了cpsspMacTeX。我还创建了我的~/Library/texmf/tex/latex/cpssp。接下来，我运行了从终端调用的 Python 脚本，如下所示

python cpssp.py -s seq.fasta -u ss.fasta -w 14 -i 1.5 -t 20 -o test

我得到了test.tex文件，但我不知道如何使用 LaTeX 将这些坐标转换为实际图像。我已阅读如何创建基本的 LaTeX，它可以工作，但当我尝试使用该包时，cpssp它不起作用。

有人能帮我吗？任何提示、建议或其他东西都会很感激。

TeX 文件：

\cpsspLabel{-0.0}{pf_0111000}
        \cpsspStartRes{-0.0}{1.5}{1}
        \cpsspBend{-0.0}{1.5}{2.0}
        \cpsspPiHelix{-0.0}{2.0}{2.25}
        \cpsspSheet{-0.0}{2.25}{2.5}
        \cpsspCoil{-0.0}{2.5}{3.75}
        \cpsspSheet{-0.0}{3.75}{5.5}
        \cpsspCoil{-0.0}{5.5}{6.75}
        \cpsspAlphaHelix{-0.0}{6.75}{7.75}
        \cpsspCoil{-0.0}{7.75}{8.75}
        \cpsspSheet{-0.0}{8.75}{10.25}
        \cpsspCoil{-0.0}{10.25}{10.75}
        \cpsspSheet{-0.0}{10.75}{12.25}
        \cpsspCoil{-0.0}{12.25}{14.0}
        \cpsspEndRes{-0.0}{14.0}{50}
    \cpsspLabel{-1.5}{pf_0111000}
        \cpsspStartRes{-1.5}{1.5}{51}
        \cpsspAlphaHelix{-1.5}{1.5}{2.75}
        \cpsspCoil{-1.5}{2.75}{4.25}
        \cpsspSheet{-1.5}{4.25}{5.0}
        \cpsspCoil{-1.5}{5.0}{5.5}
        \cpsspSheet{-1.5}{5.5}{6.0}
        \cpsspCoil{-1.5}{6.0}{7.5}
        \cpsspAlphaHelix{-1.5}{7.5}{11.75}
        \cpsspCoil{-1.5}{11.75}{12.75}
        \cpsspSheetT{-1.5}{12.75}{14.0}
        \cpsspEndRes{-1.5}{14.0}{100}
    \cpsspLabel{-3.0}{pf_0111000}
        \cpsspStartRes{-3.0}{1.5}{101}
        \cpsspSheet{-3.0}{1.5}{1.75}
        \cpsspCoil{-3.0}{1.75}{3.75}
        \cpsspSheet{-3.0}{3.75}{4.5}
        \cpsspCoil{-3.0}{4.5}{6.5}
        \cpsspAlphaHelix{-3.0}{6.5}{10.25}
        \cpsspCoil{-3.0}{10.25}{11.5}
        \cpsspSheetT{-3.0}{11.5}{14.0}
        \cpsspEndRes{-3.0}{14.0}{150}
    \cpsspLabel{-4.5}{pf_0111000}
        \cpsspStartRes{-4.5}{1.5}{151}
        \cpsspSheet{-4.5}{1.5}{2.0}
        \cpsspCoil{-4.5}{2.0}{5.75}
        \cpsspSheet{-4.5}{5.75}{6.75}
        \cpsspCoil{-4.5}{6.75}{8.0}
        \cpsspSheet{-4.5}{8.0}{8.75}
        \cpsspCoil{-4.5}{8.75}{9.75}
        \cpsspSheet{-4.5}{9.75}{10.5}
        \cpsspCoil{-4.5}{10.5}{11.25}
        \cpsspAlphaHelix{-4.5}{11.25}{14.0}
        \cpsspEndRes{-4.5}{14.0}{200}
    \cpsspLabel{-6.0}{pf_0111000}
        \cpsspStartRes{-6.0}{1.5}{201}
        \cpsspAlphaHelix{-6.0}{1.5}{1.75}
        \cpsspCoil{-6.0}{1.75}{6.0}
        \cpsspSheet{-6.0}{6.0}{9.0}
        \cpsspCoil{-6.0}{9.0}{10.5}
        \cpsspSheet{-6.0}{10.5}{13.5}
        \cpsspCoil{-6.0}{13.5}{14.0}
        \cpsspEndRes{-6.0}{14.0}{250}
    \cpsspLabel{-7.5}{pf_0111000}
        \cpsspStartRes{-7.5}{1.5}{251}
        \cpsspCoil{-7.5}{1.5}{6.0}
        \cpsspEndRes{-7.5}{6.0}{268}

答案1

你应该读文档第 4.2 节关于包含 cpssp 文件。我从未使用过 cpssp，但我相信

\documentclass{standalone}
\usepackage{cpssp}
\begin{document}
\cpsspinput{filename}
\end{document}

应该做。

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