如何在 Ubuntu 上重新安装 bioperl 模块？

Question

我正在努力学习生物信息学。我没有 Linux、Ubuntu、bash、Perl、Python 等方面的背景。我正在尝试使用以前在这台机器上安装和使用的几个程序，主要是 bioperl 模块。

似乎旧版本可以工作，但新版本却不能。具体来说，它是 NCBI 独立的blast 程序组。我可以使用blastall，但不能使用blastn, fastacmd，或者blastdbcmd即使这些模块存在并且显示为可执行文件。我得到的错误是no such file or dir.

如何卸载这组模块然后重新安装？还是有其他原因导致他们找不到？我确实尝试从它们所在的目录中运行它们。

Answer 1

它们不应该用作独立的可执行文件。请参阅man bastall详细信息，但例如：

blastall -p blastn -i input.fa -d nr

将使用 fasta 文件input.fa作为输入对 nr 数据库运行blastn 搜索。一般来说，要运行这些程序中的任何一个，您需要运行

blastall -p PROGRAM_NAME

哦，这些不是 Bioperl 模块，它们是独立程序，与 Bioperl 无关。