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在“R 的多序列比对”包中使用 pdflatex 时出现错误消息

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在“R 的多序列比对”包中使用 pdflatex 时出现错误消息

我是 R-studio 的新手，多序列比对包。我试图生成对齐结果输出的 PDF，但一直收到错误消息。

我正在输入此代码：

mySequenceFile <- system.file("examples", "PlasmodiumCSPv2.fasta",     package="msa")
mySequences <- readAAStringSet(mySequenceFile)
mySequences
myFirstAlignment <- msa(mySequences)
msaPrettyPrint(myFirstAlignment, output="pdf", showNames="none",
               showLogo="none", askForOverwrite=FALSE, verbose=FALSE)

命令运行，但出现以下错误：

! Package TeXshade Error: File `C:/Users/ANDRE_\nobreakspace     {}1/AppData/Local/
Temp/Rtmp6XbL83/seq1fd4687c2e.fasta' not found.

Error in texi2dvi(texfile, quiet = !verbose, pdf = identical(output, "pdf"),      :unable to run 'pdflatex' on 'myFirstAlignment.tex'
In addition: Warning message:
running command '"pdflatex" -interaction=nonstopmode "myFirstAlignment.tex"'     had status 1

我一直在网上查找问题，但没有什么收获。有什么建议吗？

答案1

这来得有点晚了，你可能已经解决了这个问题 - 但我还是发布了一个回复以防其他人遇到它。

我不确定为什么 RStudio 会抛出此错误 - 但我怀疑这是它配置 SWeave 的方式 - 它也使用 pdfLateX

无论如何，有一个可以接受的解决方法 - 即首先使用 msaPrettyPrint 创建 tex 文件，然后使用 texi2pdf 函数创建 pdf

msaPrettyPrint(myFirstAlignment, output="tex", showNames="none",
           showLogo="none", askForOverwrite=FALSE, verbose=FALSE)
texi2pdf("myFirstAlignment.tex", clean=TRUE)

或者，如果您在普通的旧 R 中运行 msaPrettyPrint 作为脚本，则输出 pdf 的单个命令应该可以正常工作。

问候

彼得

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