我的问题是 \bmatrix 的输出有点奇怪，高度不一样，并且行距根据元素高度而不同。
我已将这些放在空白文档上，并获得了满意的结果，因此我认为也许有些包互相干扰。
而且我的其他 bmatrices 不受影响，删除对齐环境也不能解决问题。
这些是我使用的包
\usepackage{amsthm,amssymb,amsmath}
\usepackage{epsf,graphicx}
\usepackage[a4paper]{geometry}
\usepackage{titlesec}
\usepackage{setspace}
\usepackage[stable,bottom]{footmisc}
\usepackage{placeins}
\usepackage[colorlinks,citecolor=blue]{hyperref}
\hypersetup{linkcolor=blue}
\usepackage{zref-perpage}
\zmakeperpage[1]{footnote}
\usepackage{cancel}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{fit,positioning}
\usetikzlibrary{bayesnet}
\usepackage{adjustbox}
\usepackage{pgfplots}
\pgfplotsset{every tick label/.append style={font=\tiny}}
\usepackage{algorithm}
\usepackage{algorithmic}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{units}
这是 tex 代码
\begin{align}
\begin{bmatrix}
0 & \Sigma^r_{xy} \\
\Sigma^r_{yx} & 0 \\
\end{bmatrix}
\begin{bmatrix}
l_{x} \\
l_{y} \\
\end{bmatrix}
=\lambda
\begin{bmatrix}
\Sigma^r_{xx} & 0 \\
0 & \Sigma^r_{yy} \\
\end{bmatrix}
\begin{bmatrix}
l_{x} \\
l_{y} \\
\end{bmatrix} \\ %%%%%%
\begin{bmatrix}
0 & \Sigma^l_{xy} \\
\Sigma^l_{yx} & 0 \\
\end{bmatrix}
\begin{bmatrix}
r_{x} \\
r_{y} \\
\end{bmatrix}
=\lambda
\begin{bmatrix}
\Sigma^l_{xx} & 0 \\
0 & \Sigma^l_{yy} \\
\end{bmatrix}
\begin{bmatrix}
r_{x} \\
r_{y} \\
\end{bmatrix}
\end{align}
答案1
\arraystrech 的值是在其他地方设置的，但注释掉它并没有帮助。看来默认值也不合适。
所以我把 \align 放在一个组中，然后检查了几个 \arraystrech 值，直到找到正确的值。谢谢大家！
\begingroup
\renewcommand*{\arraystretch}{2}
\begin{align}
&\begin{bmatrix}
0 & \Sigma^r_{xy} \\
\Sigma^r_{yx} & 0 \\
\end{bmatrix}
\begin{bmatrix}
l_{x} \\
l_{y} \\
\end{bmatrix}
=\lambda
\begin{bmatrix}
\Sigma^r_{xx} & 0 \\
0 & \Sigma^r_{yy} \\
\end{bmatrix}
\begin{bmatrix}
l_{x} \\
l_{y} \\
\end{bmatrix} \\ %%%%%%
&\begin{bmatrix}
0 & \Sigma^l_{xy} \\
\Sigma^l_{yx} & 0 \\
\end{bmatrix}
\begin{bmatrix}
r_{x} \\
r_{y} \\
\end{bmatrix}
=\lambda
\begin{bmatrix}
\Sigma^l_{xx} & 0 \\
0 & \Sigma^l_{yy} \\
\end{bmatrix}
\begin{bmatrix}
r_{x} \\
r_{y} \\
\end{bmatrix}
\end{align}
\endgroup
答案2
(这不是真正的答案，只是 MWE 占位符。)
正如 Mico 所指出的，您提供的内容无法重现您的结果。下面是包含最少未注释代码的 MWE。您提到的所有软件包都不会对输出产生任何影响，因此它们已被注释掉。
导致不良对齐的原因在于别处在您的实际文档中。
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
% Irrelevant packages
%\usepackage{amsthm,amssymb}
%\usepackage{epsf,graphicx}
%\usepackage[a4paper]{geometry}
%\usepackage{titlesec}
%\usepackage{setspace}
%\usepackage[stable,bottom]{footmisc}
%\usepackage{placeins}
%\usepackage[colorlinks,citecolor=blue]{hyperref}
%\hypersetup{linkcolor=blue}
%\usepackage{zref-perpage}
%\zmakeperpage[1]{footnote}
%\usepackage{cancel}
%\usepackage{tikz}
%\usetikzlibrary{fit,positioning}
%\usetikzlibrary{bayesnet} % untested, but probably irrrelevant
% Irrelevant packages
%\usepackage{adjustbox}
%\usepackage{pgfplots}
%\pgfplotsset{every tick label/.append style={font=\tiny}}
%\usepackage{algorithm}
%\usepackage{algorithmic}
%\usepackage{booktabs}
%\usepackage{units}
\begin{document}
\begin{align}
\begin{bmatrix}
0 & \Sigma^r_{xy} \\
\Sigma^r_{yx} & 0 \\
\end{bmatrix}
%
\begin{bmatrix}
l_{x} \\
l_{y} \\
\end{bmatrix}
%
&=\lambda % may want to align related equations on equal sign
%
\begin{bmatrix}
\Sigma^r_{xx} & 0 \\
0 & \Sigma^r_{yy} \\
\end{bmatrix}
%
\begin{bmatrix}
l_{x} \\
l_{y} \\
\end{bmatrix}
%
\\
%
\begin{bmatrix}
0 & \Sigma^l_{xy} \\
\Sigma^l_{yx} & 0 \\
\end{bmatrix}
%
\begin{bmatrix}
r_{x} \\
r_{y} \\
\end{bmatrix}
%
&=\lambda
%
\begin{bmatrix}
\Sigma^l_{xx} & 0 \\
0 & \Sigma^l_{yy} \\
\end{bmatrix}
%
\begin{bmatrix}
r_{x} \\
r_{y} \\
\end{bmatrix}
\end{align}
\end{document}
