当我使用附近的原子时轨道发生偏移

Question

我正在画一些轨道，我注意到当轨道附近有一个原子时，轨道会向下移动一点（非常丑陋）。

只有当我把氢放在公式的开头时，才会发生这种情况

\documentclass[preview]{standalone}
\usepackage{chemmacros}
\usepackage{chemfig}
\chemsetup{modules=orbital}
\chemsetup[orbital]{overlay,opacity=.75}
\begin{document}
\chemfig{H-[:65]{\orbital{s}}-[:0]-[:65]H}
\end{document}

如果你使用

\chemfig{-[:65]{\orbital{s}}-[:0]-[:65]H}

轨道完全对齐。

Answer 1

我非常确定这个问题是由于包装的垂直放置机制引起的chemfig。

具体来说，chemfig手册（v1.2d，2015 年 12 月 1 日，目前最新版本）明确指出

[...] 到达原子的垂直位置取决于出发原子的高度。 [...] ChemFig 将出发原子的高度添加到每个到达原子\vphantom[...]
（第 III 章，第 4 节，第 27 页）

这解释了两个公式的不同之处：在第一个例子中，第一个将其高度传递给下一个原子，从而导致垂直偏移。（注意左侧轨道原子上H红色的非零高度）fbox

为了解决这个问题，chemfig提供了\chemskipalign宏，它可以禁用对齐机制并允许轨道正确对齐，就像在正确的分子上一样（另见第 III 章，第 4 节，第 27/28 页）：

\documentclass{standalone}
\usepackage{chemmacros}
\usepackage{chemfig}
\usepackage{xcolor} % colors for fboxes
\chemsetup{modules=orbital}
\chemsetup[orbital]{overlay,opacity=.75}

\begin{document}
    \fboxsep=0pt % fboxes
    \renewcommand*\printatom[1] % fboxes
    {\color{red}\fbox{\color{black}\ensuremath{\mathrm{#1}}}} % fboxes
    \chemfig{H-[:65]{\orbital{s}}-[:0]-[:65]H} % bad
    \quad
    \chemfig{-[:65]{\orbital{s}}-[:0]-[:65]H}
    \quad
    \chemfig{H-[:65]\chemskipalign{\orbital{s}}-[:0]-[:65]H} % good, added \chemskipalign
\end{document}

Answer 2

尝试这个：

\documentclass[preview]{standalone}
\usepackage{chemmacros}
\usepackage{chemfig}
\chemsetup{modules=orbital}
\chemsetup[orbital]{overlay,opacity=.75}
\begin{document}
\chemfig{H-[:65]({\orbital{s}})-[:0]-[:65]H}
\end{document}

我将“{\orbital{s}”放入 ( ) 中

为了对债券有更多的“控制”，并将“某些东西”放入轨道，请尝试：

....
\chemfig{H-[:65,,,,,shorten >=4pt]({\orbital{s}})(H)-[:0,,,,,shorten <=3pt]-[:65]H}
.....