根据 DOI 自动生成书目

Question 1

R这个答案是通过调用包rcrossref、及其cr_cn函数从 DOI 创建参考书目，然后使用knitr在 LaTeX 中创建参考书目的概念证明。（请注意：knitr和rcrossref是R包和安装R才能继续。

该cr_cn函数从Crossref 数据库，其中包含期刊和书籍出版商提交给 Crossref 组织的文献计量数据。这种方法的一个限制是并非所有出版商都会将其出版数据提交给 Crossref。因此，如果出版商未提交相关元数据，则传递某些 DOI 可能不会返回元数据。

有多种方法可以R与LaTeX使用Sweave或一起使用来调用代码knitr。我使用了WinEdt插件，关系经理。作者谢益辉knitr在此列出了其他选择：knitr 的编辑. 另一个选择是使用RStudio。

LaTeX 和 R 代码位于 Rnw（R no web）文件中。R 代码块出现在分隔符<<>>=和之间@，表示代码块的开始和结束。.Rnw编译文件时，将调用 R 来首先执行代码R。这会生成一个.tex文件，在本例中为.bib文件。执行R代码后，可以调用LaTeX编译器（例如）来生成包含指定样式的格式化参考书目的文件。PDFLaTeX.pdfBiblatex

R 代码只需要创建一个 dois 列表，并循环进行重复调用，以从传递给 Crossref 的 DOI 中检索出版物元数据。每个元数据项都以格式返回，并使用的函数将其bibtex写入文件。.bibRwrite.table

执行 R 代码后，LaTeX使用生成的.bib文件（此处）使用和mybibfile.bib创建参考书目。biblatexbiber

总结步骤顺序：（1）执行 R 代码生成.bib文件（2）执行PDFlatex生成.bcf文件，（3）执行biber创建.bbl文件（4）执行PDFlatex生成参考书目。自动RManager执行WinEdt该序列。

这是代码：

% knitr -> PDFLaTeX in WinEdt 10.2 with RManager plugin
% http://www.winedt.org/config/modes/RManager.html
\documentclass[a4paper,10pt]{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[margin=2.5cm]{geometry}
\usepackage[style=authoryear,backend=biber]{biblatex}
\addbibresource{mybibfile.bib}

% This is the R code chunk
<<Preamble,include=FALSE>>=
# install the R packages, if they are not already installed.
#install.packages("rcrossref",dependencies=True)
#install.packages("patchDVI",dependencies=True)

# load knitr and rcrossref
library(knitr)
library(rcrossref)

# nominate the DOIs of interest
mydois <- c('10.1002/andp.19053221004',
'10.1038/171737a0',
'10.1038/227680a0',
'10.1103/PhysRevB.37.785')

# extract the metadata for each DOI from Crossref and write the bib file
for(i in 1:4) {
     x <- cr_cn(dois=mydois[i], format = "bibtex")
     write.table(x,file="mybibfile.bib",append=TRUE,row.names=FALSE,col.names=FALSE,fileEncoding="UTF-8")
}
@
% Print the bibliography
\begin{document}
\nocite{*}
\printbibliography
\end{document}

这是LaTeX输出：

Answer

R这个答案是通过调用包rcrossref、及其cr_cn函数从 DOI 创建参考书目，然后使用knitr在 LaTeX 中创建参考书目的概念证明。（请注意：knitr和rcrossref是R包和安装R才能继续。

该cr_cn函数从Crossref 数据库，其中包含期刊和书籍出版商提交给 Crossref 组织的文献计量数据。这种方法的一个限制是并非所有出版商都会将其出版数据提交给 Crossref。因此，如果出版商未提交相关元数据，则传递某些 DOI 可能不会返回元数据。

有多种方法可以R与LaTeX使用Sweave或一起使用来调用代码knitr。我使用了WinEdt插件，关系经理。作者谢益辉knitr在此列出了其他选择：knitr 的编辑. 另一个选择是使用RStudio。

LaTeX 和 R 代码位于 Rnw（R no web）文件中。R 代码块出现在分隔符<<>>=和之间@，表示代码块的开始和结束。.Rnw编译文件时，将调用 R 来首先执行代码R。这会生成一个.tex文件，在本例中为.bib文件。执行R代码后，可以调用LaTeX编译器（例如）来生成包含指定样式的格式化参考书目的文件。PDFLaTeX.pdfBiblatex

R 代码只需要创建一个 dois 列表，并循环进行重复调用，以从传递给 Crossref 的 DOI 中检索出版物元数据。每个元数据项都以格式返回，并使用的函数将其bibtex写入文件。.bibRwrite.table

执行 R 代码后，LaTeX使用生成的.bib文件（此处）使用和mybibfile.bib创建参考书目。biblatexbiber

总结步骤顺序：（1）执行 R 代码生成.bib文件（2）执行PDFlatex生成.bcf文件，（3）执行biber创建.bbl文件（4）执行PDFlatex生成参考书目。自动RManager执行WinEdt该序列。

这是代码：

% knitr -> PDFLaTeX in WinEdt 10.2 with RManager plugin
% http://www.winedt.org/config/modes/RManager.html
\documentclass[a4paper,10pt]{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[margin=2.5cm]{geometry}
\usepackage[style=authoryear,backend=biber]{biblatex}
\addbibresource{mybibfile.bib}

% This is the R code chunk
<<Preamble,include=FALSE>>=
# install the R packages, if they are not already installed.
#install.packages("rcrossref",dependencies=True)
#install.packages("patchDVI",dependencies=True)

# load knitr and rcrossref
library(knitr)
library(rcrossref)

# nominate the DOIs of interest
mydois <- c('10.1002/andp.19053221004',
'10.1038/171737a0',
'10.1038/227680a0',
'10.1103/PhysRevB.37.785')

# extract the metadata for each DOI from Crossref and write the bib file
for(i in 1:4) {
     x <- cr_cn(dois=mydois[i], format = "bibtex")
     write.table(x,file="mybibfile.bib",append=TRUE,row.names=FALSE,col.names=FALSE,fileEncoding="UTF-8")
}
@
% Print the bibliography
\begin{document}
\nocite{*}
\printbibliography
\end{document}

这是LaTeX输出：

Question 2

答案已重新修改，以便可以将任意输入键分配给 DOI 条目。

以下是使用 LuaLaTeX 进行查询的概念证明https://api.crossref.org并将.bib条目下载到\jobname-doidump.bib。为了避免对同一条目多次查询数据库，我们会记住临时文件中请求的密钥\jobname.dol（这意味着不应手动修改这两个文件，而应一起删除，如果 DOI 密钥对发生变化，则应删除这两个文件）。

您可以随时通过申请 DOI \getdoias{<DOI>}{<entrykey>}。然后可以照常引用所申请的密钥。

\documentclass[british]{article}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{babel}
\usepackage{csquotes}

\usepackage[style=authoryear, backend=biber]{biblatex}

% externalise lua code, so we don't have to escape stuff
\usepackage{filecontents}
\begin{filecontents*}{doidownload.lua}

function download_to_table(url)
  local texio = texio
  local io = require('io')
  local http = require('socket.http')
  local ltn12 = require('ltn12')
  local requestbody = {}
  texio.write_nl('Downloading ' .. url)
  texio.write_nl('')
  http.request{
    url  = url,
    sink = ltn12.sink.table(requestbody)
  }
  return requestbody
end

-- this function is not used any more, but might still be of interest
function download_to_file_append(url, file_name)
  local io = require('io')
  local requestbody = download_to_table(url)
  local file_handle = io.open(file_name, 'a')
  file_handle:write(table.concat(requestbody))
  file_handle:write('\n')
  file_handle:write('\n')
  io.close(file_handle)
end

function save_doi_as_key_to(doi, key, file_name)
  local texio = texio
  local string = string
  local io = require('io')
  local file_handle = io.open(file_name, 'a')
  local bibentry_tab = download_to_table('https://api.crossref.org/works/' ..
                                         doi .. '/transform/application/x-bibtex')
  local bibentry_str = table.concat(bibentry_tab)
  if string.match(bibentry_str, '^%s*@.-{.-,') then
    bibentry_str = string.gsub(bibentry_str, '^%s*@(.-){.-,', '@%1{' .. key .. ',', 1)
    file_handle:write(bibentry_str)
    file_handle:write('\n')
    file_handle:write('\n')
  else
    texio.write_nl('Warning: Failed to obtain valid bib entry for ' .. key)
    texio.write_nl('with DOI ' .. doi .. '.')
  end
  io.close(file_handle)
end

\end{filecontents*}

% load the main lua code
\directlua{dofile('doidownload.lua')}

% machinery to track downloaded entry keys
\newcommand*{\entrylist}{}
\newcommand*{\entrylistadd}[1]{%
  \xifinlist{\detokenize{#1}}{\entrylist}
    {}
    {\listeadd{\entrylist}{\detokenize{#1}}}}

% {<DOI>}{<entrykey>}
% gets an entry by DOI and assigns the supplied entrykey
\newcommand*{\getdoias}[2]{%
  \xifinlist{\detokenize{#2}}{\entrylist}
    {}
    {\directlua{save_doi_as_key_to('\luaescapestring{#1}',
                                   '\luaescapestring{#2}' ,
                                   '\luaescapestring{\jobname-doidump.bib}')}
     \listeadd{\entrylist}{\detokenize{#2}}}}


% get known keys from .dol file
\IfFileExists{\jobname.dol}{\input{\jobname.dol}}

% write known keys to .dol file to avoid unnecessary queries to crossref API
\makeatletter
\AtEndDocument{%
  \newwrite\dol@out
  \immediate\openout\dol@out\jobname.dol\relax
  \immediate\write\dol@out{%
    \@percentchar\space Do not edit this file\blx@nl
    \@percentchar\space You may, however, safely delete this file if you also delete\blx@nl
    \@percentchar\space\jobname-doidump.bib}%
  \def\do#1{\immediate\write\dol@out{\string\entrylistadd{#1}}}%
  \dolistloop\entrylist
  \immediate\closeout\dol@out}
\makeatother
% if you change a DOI-key pair you should delete the *.dol7
% and *-doidump.bib file to re-enable a clean download

% load the download .bib file
\addbibresource{\jobname-doidump.bib}

% \getdoias can be used in the preamble or the document
\getdoias{10.1002/(SICI)1096-987X(199803)19:4<377::AID-JCC1>3.0.CO;2-P}{sigfridsson}

\begin{document}
\cite{sigfridsson}
\cite{kastenholz}
\getdoias{10.1063/1.2172593}{kastenholz}
\printbibliography
\end{document}

你可以明白为什么我认为这是个坏主意。我还没有遇到过.bib不需要手动干预即可下载源代码的在线服务。另请参阅软件生成的书目条目：使用前应检查的常见错误和其他错误

这里，字段url不必要地重复了 DOI，这一点非常突出。month两个条目中的字段填写不正确。我忘了展示这一点，但人们可能得到的全大写名称（参见 Ross 的回答）也不太好。

我建议你使用参考文献管理器来创建.bib文件。其中一些提供了从 DOI 获取条目的方法（当然JabRef 有这样的功能，Zotero 支持，Mendeley 也是如此)。这样做的一大优势在于，您可以在下载条目后对其进行修改（我坚信这在几乎所有情况下都是必要的），而且数据更加持久，您可以在不同的文档中重复使用您的引文。

Answer