答案1
从某种意义上说，是的，有两个不同的剪贴板（尽管 X11 称它们为“选择”，并且只有其中一个选项称为“剪贴板”）。
很可能，您正在考虑“主要选择”（这是一个可以理解的错误，因为它的功能更像 Linux 发行版上的功能，而不是 Windows 或 Mac 下的功能 - 不过，根据记录，通常可以使用相同的键盘快捷键进行交互Windows 和 Mac 下的主要选择与 Linux 下相同）。
剪贴板通常通过用于复制和粘贴（分别）的Ctrl+{ c, } 键绑定进行控制。v另一方面，初选有多种互动方式。使用鼠标选择任何内容都会自动将其放入主选择中。然后，通常可以单击鼠标中键来粘贴。还可以使用键盘：{ Ctrl, Shift}+Insert可用于从/向主选择复制和粘贴（再次分别）。
奇怪的是，似乎并不是所有应用程序都支持 X 的剪贴板。而且，虽然看起来很不幸，但没有办法统一主选择和剪贴板。但是，有两种解决方案适合您。
使用主要选择
它几乎普遍可用，并且（至少，我个人认为）更加灵活。使用替代的剪贴板管理器
有很多第三方剪贴板管理器，它们提供比内置的功能更强大的功能。
举例来说，您可以使用菜单或者剪辑。然而，还有更多的选择，多得我数不过来。
写完这个答案一段时间后，我偶然发现了一个名为的剪贴板管理器clipit。除了其他非常方便的功能之外，clipit还提供了同步主选择和 X 剪贴板的功能。这在功能上相当于统一两个选择，并且非常好；我想这正是您正在寻找的。
答案2
我在 FreeBSD 中使用 Firefox + uxterm/xterm 时遇到了这个问题。我不确定这是否与不使用桌面管理器有关（我正在使用 MWM）。
我发现这个问题的最佳解决方案是使用：
autocutsel -fork -selection CLIPBOARD
autocutsel -fork -selection PRIMARY
作为你的一部分.xinitrc
然后，每当您使用 CLIPBOARD 或 PRIMARY 时，所有内容都会同步，并且您可以从 Firefox 复制 (CONTROL+C) 到 xterm（中键单击或 SHIFT+INSERT）。
另一个有用的工具是查看正在发生的事情xcb。
和autocutsel都是xcb经典的 X11 工具，通常在 Linux 发行版和 FreeBSD 中可用。
答案3
我不使用st，但我有可能对普通受众有帮助的信息。我的 LXTerminal 默认设置使用Ctrl+ Shift+{ c, v} 分别进行复制和粘贴。使用Shift很有用，因为需要Ctrl+c来发送信号SIGINT。