使用 chemfig 连接具有旋转对称性的分子结构的重复片段

使用 chemfig 连接具有旋转对称性的分子结构的重复片段

在绘制六苯并蔻衍生物,我决定从中心苯环开始,然后通过定义重复片段\definesubmol并连接桥接碳原子一次,以便在构建结构时看起来片段实际上是连接的(用红线表示)。

由于 6 重对称性,这种方法效果很好,但我不知道如何在 C5 环周围构建类似的结构,因为在这种情况下相邻的碳原子显然不会重叠。

尝试使用标签(?[c1]),结果却一团糟——我不确定这是否是对称结构的正确方法。

那么,连接这种对称结构块的正确方法是什么?

在此处输入图片描述

\documentclass{standalone}
\usepackage{chemfig}
    \setchemfig{
        atom sep = 1.5em,
    }

\begin{document}

\chemname{
    \definesubmol{ph1}{-*6(-(-[,,,,red])=-(-(-)(-[::60])(-[::-60]))=-=)}
    \chemfig{
        *6((!{ph1})-(!{ph1})=(!{ph1})-(!{ph1})=(!{ph1})-(!{ph1})=(!{ph1}))
    }
}
{hexa-\textit{tert}-butyl-hexabenzocoronene \\ six-fold symmetry}

% Using the same approach for another symmetry:
\chemname{
    \definesubmol{ph1}{-*6(-(-[,,,,red])=-(-(-)(-[::60])(-[::-60]))=-=)}
    \chemfig{
        *5((!{ph1})-(!{ph1})-(!{ph1})-(!{ph1})-(!{ph1})-(!{ph1}))
    }
}
{hypothetical structure 1 \\ five-fold symmetry}

% Using labels for linking departure and arrival carbon atoms:
\chemname{
    \definesubmol{ph1}{-*6(-(-[,,,,red]?[c1])=-(-(-)(-[::60])(-[::-60]))=-?[c1]=)}
    \chemfig{
        *5((!{ph1})-(!{ph1})-(!{ph1})-(!{ph1})-(!{ph1})-(!{ph1}))
    }
}
{hypothetical structure 2 \\ five-fold symmetry}

\end{document}

答案1

问题是,您需要将第一个环与第二个环连接起来,依此类推。因此,您需要对要连接的所有钩子(标签/节点)使用不同的 ID。从 1.33 版开始,您可以使用附加可选参数\definesubmol(请参阅这个答案使用此功能,您可以先绘制结构并放入所需的挂钩,然后再将环连接到这些挂钩(您可能需要编译两次):

\documentclass[border=5mm]{standalone}
\usepackage{chemfig}

    \setchemfig{
        atom sep = 1.5em,
    }

\begin{document}

\chemname{
    \definesubmol{ph1}{-*6(-(-[,,,,red])=-(-(-)(-[::60])(-[::-60]))=-=)}
    \chemfig{
        *6((!{ph1})-(!{ph1})=(!{ph1})-(!{ph1})=(!{ph1})-(!{ph1})=(!{ph1}))
    }
}
{hexa-\textit{tert}-butyl-hexabenzocoronene \\ six-fold symmetry}

% Using labels for linking departure and arrival carbon atoms:
\chemname{
    \definesubmol{ph1}1{-*6(-@{a#1}=-(-(-)(-[::60])(-[::-60]))=-@{b#1}=)}
    \chemfig{
        *5((!{ph1}{a})-(!{ph1}{b})-(!{ph1}{c})-(!{ph1}{d})-(!{ph1}{e})-(!{ph1}{f}))
    }
    \chemmove{
        \foreach \x\y in {a/e,e/d,d/c,c/b,b/a}
        \draw[red,-] (a\x) -- (b\y);
    }
}
{hypothetical structure 2 \\ five-fold symmetry}

\end{document}

在此处输入图片描述

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