☰

用于运行顺序作业的脚本

tag-icon • tag-icon bash command-line shell-script cluster
用于运行顺序作业的脚本

我最近开始学习使用Linux。我想在 bash shell 中编写一个脚本来在集群上运行串行作业。我一直在寻找有关如何编写此类脚本的提示和说明。我设法写了以下内容：

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -e test.err
#PBS -o test.log
cd /home/myuser/
echo "Running on host `hostname`"
echo "Time is `date`"
echo "Directory is `pwd`"
/home/myuser/comsol4.3b/bin/comsol batch -inputfile DF.mph -outputfile output.mph -batchlog out.log

最后一行调用程序（称为 COMSOL）来运行。我的代码中缺少的东西之一是命令“qsub”；我不知道如何将它与代码中的其余命令合并。谁能指导我如何修改通过“qsub”命令调用我正在使用的程序的行？

抱歉，如果我的问题如此简单，我花了很多时间试图让它发挥作用，但遗憾的是我做不到。

编辑：总而言之，如果我仅输入代码的最后一行，它将仅在主节点上运行，我不希望这样。我想要修改代码的最后一行，以便它使用我使用 PBS 行分配给它的资源，我应该怎么做？

根据记录，该命令qhost显示有 250 个节点，每个节点的核心数从 4 核/节点到 16 核/节点不等

答案1

您没有具体说明您正在使用哪种集群软件，但根据您所询问的事实qsub，我知道 GridEngine（及其衍生物）和 PBS 都使用该特定命令，所以让我们从这些命令开始。

我最熟悉 GridEngine （及其衍生产品），因此要使用该包提交命令，您需要执行类似的操作。

例子

这是一个示例脚本，我们将其称为sample.bash.

#!/bin/bash
echo "Working directory is $PWD"

要提交此脚本，您需要执行以下操作：

$ qsub sample.bash

要定位集群中的特定节点，您需要包含一组节点所独有的属性，以便 GridEngine 调度软件可以选择其中一个节点，并在其中一个节点上运行您的作业。

相关内容