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很抱歉，我无法提取最小的工作示例。

我从论文，注释掉\usepackage{times,fullpage}并\usepackage{xr-hyper}在序言中：

\usepackage[all]{xy}
%\usepackage{times,fullpage}

% For cross-file-references
%\usepackage{xr-hyper}

% Package for hypertext links:
\usepackage{hyperref}

并使用配置文件进行编译

\Preamble{xhtml,pic-align}

\Configure{Picture}{.svg}  
\DeclareRobustCommand{\[}{\begin{equation*}}
\DeclareRobustCommand{\]}{\end{equation*}}

\RequirePackage{etoolbox}
\def\patchaccent#1{%
  \csletcs{orig#1}{#1}
  \expandafter\def\csname #1\endcsname##1{\Picture+{}\csname orig#1\endcsname{##1}\EndPicture}
}
\patchaccent{acute}
\patchaccent{bar}
\patchaccent{breve}
\patchaccent{check}
\patchaccent{ddot}
\patchaccent{dot}
\patchaccent{grave}
\patchaccent{tilde}
\patchaccent{vec}
\patchaccent{widehat}
\patchaccent{widetilde}

\begin{document}
\EndPreamble

和 mk4 文件

if mode == "draft" then
  Make:htlatex {}
else
  -- Make:add("biber","biber ${input}")
  Make:htlatex {}
  -- Make:biber {}
  Make:htlatex {}
  Make:htlatex {}
end

Make:tex4ht{}
Make:t4ht{}

我发现生成的epub文件中有很多错误的参考文献超链接，例如引理2.4的标签的生成代码：

<a id="x3-3002r3"></a>
<span class="cmbx-10">Lemma 2.4.</span>

而在注释 2.5 中的引理 2.4 的参考代码中

The following fact was used in the proof of Lemma <a href="#x3-3002r4">2.4<!--tex4ht:ref: lemma-cech --></a>:

#x3-3002r4引用ID不正确（实际上根据生成的文件来看，没有引用ID .aux），很奇怪有些引用是正确的，有些引用是错误的。

我期待这个问题得到解决。

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我制作了一个最小的工作示例：

\documentclass{amsart}

\usepackage{hyperref}

\theoremstyle{plain}
\newtheorem{thm}[subsection]{Theorem}

\begin{document}

\section{First section}

\subsection{A}

\begin{thm}
  \label{thm:nul}
  nul
\end{thm}

\begin{thm}
  \label{thm:this}
  This is a theorem
\end{thm}

Look at Theorem \ref{thm:nul}.

Look at Theorem \ref{thm:this}.

\end{document}

使用 tex4ebook 进行编译，无需任何额外参数。

请注意，环境thm使用 的计数器subsection。请参阅维基百科对于这样的用法。

答案1

我知道这是一个老问题，但我发现现在没有任何答案。我认为这个问题已经修复了，因为我使用最新的 TeX4ht 得到了正确的结果。

这是渲染后的 HTML：

在此处输入图片描述

HTML 代码如下：

<div class='newtheorem'>
<!-- l. 14 --><p class='noindent'><span class='head'>
<a id='x1-2001r2'></a>
<span class='cmbx-10'>Theorem 1.2.</span>  </span> <span class='cmti-10'>nul</span>
</p>
  </div>
<!-- l. 17 --><p class='indent'>
</p>
  <div class='newtheorem'>
<!-- l. 19 --><p class='noindent'><span class='head'>
<a id='x1-2002r2'></a>
<span class='cmbx-10'>Theorem 1.3.</span>  </span> <span class='cmti-10'>This is a theorem</span>
</p>
  </div>
<!-- l. 22 --><p class='indent'>
  Look at Theorem <a href='#x1-2001r2'>1.2<!-- tex4ht:ref: thm:nul  --></a> .
</p><!-- l. 26 --><p class='indent'>  Look at Theorem <a href='#x1-2002r3'>1.3<!-- tex4ht:ref: thm:this  --></a> .
</p>

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