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Chemfig 增加支链烷烃中垂直键的长度

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Chemfig 增加支链烷烃中垂直键的长度

目前，我遇到了一个问题，因为我想以“完整结构”形式制作支链烷烃的取代基种类之间存在交叉。我认为通过在中心碳（cbmethyl）和 [6] 之间添加额外的破折号来增加取代基底部碳的垂直键长（如下代码所示）是可行的：

\documentclass[12pt, reqno]{amsart}
\usepackage{chemfig}
\definesubmol{\lmethyl}{C(-[2]H)(-[4]H)(-[6]H)}
\definesubmol{\rmethyl}{C(-[2]H)(-[6]H)-H}
\definesubmol{\tmethyl}{C(-[2]H)(-[4]H)-H}
\definesubmol{\bmethyl}{C(-[4]H)(-[6]H)-H}
\definesubmol{\cmethyl}{C(-[2]H)(-[6]H)}
\definesubmol{\cbmethyl}{C(-[2]H)}
\begin{document}
\chemfig{!\lmethyl-!\cbmethyl(-[6]!\bmethyl)(-!\rmethyl)}
\end{document}

在此处输入图片描述在此处输入图片描述

然而，代码却将取代基碳沿水平方向移动。唯一的其他解决方案是增加其他碳的两个水平键长，但在我看来，这会让化合物看起来有点臃肿。任何帮助都将不胜感激。

答案1

如果您想采用 Couper / Butlerov 风格而不使用现代表现形式，我看到三种可能性：

键长增加

请注意，无需创建幻影原子，因为您可以将键长的数值作为第二个参数传递：[,<bond length>,,,]。就个人而言，我不喜欢这种方法，因为这会使一个特定的 CC 键毫无理由地突出，因为它们都应该具有几乎相同的长度。

在此处输入图片描述

\documentclass[12pt, reqno]{amsart}
\usepackage{chemfig}
\definesubmol{\lmethyl}{C(-[2]H)(-[4]H)(-[6]H)}
\definesubmol{\rmethyl}{C(-[2]H)(-[6]H)-H}
\definesubmol{\tmethyl}{C(-[2]H)(-[4]H)-H}
\definesubmol{\bmethyl}{C(-[4]H)(-[6]H)-H}
\definesubmol{\cmethyl}{C(-[2]H)(-[6]H)}
\definesubmol{\cbmethyl}{C(-[2]H)}
\begin{document}
\chemfig{!\lmethyl-!\cbmethyl(-[6,2]!\bmethyl)(-!\rmethyl)}
\end{document}

改变几何形状

为了保持 CC 键长一致，可以使用 ∠H–C–H = 60° 来调整甲基的几何形状。此外，无需定义左/右/底部甲基 - 如果使用以下方式定义，一个就足够了相对的角度参数：[::<angle>,,,,]。

在此处输入图片描述

\documentclass[12pt, reqno]{amsart}
\usepackage{chemfig}
\definesubmol{\chfmethyl}{C(-[::0]H)(-[::60]H)(-[::-60]H)}
\begin{document}
\chemfig{C(-[:90]H)(-!\chfmethyl)(-[:180]!\chfmethyl)(-[:-90]!\chfmethyl)}
\end{document}

较短的 C−H 键

为了保持正交排列，也可以减少所有 C−H 键长。考虑到 C(sp³)−C(sp³) 的平均键长为 1.54 Å，C(sp³)−H 的平均键长为 1.10 Å（数据来自维基百科)，并且，将chemfig的 C−C 键固定为 1，chemfig的 C−H 键长应缩短为 1.10 Å/1.54 Å ≈ 0.7。这应该在每个甲基周围留出足够的空间，使它们不会重叠：

在此处输入图片描述

\documentclass[12pt, reqno]{amsart}
\usepackage{chemfig}
\definesubmol{\chfmethyl}{C(-[::0,0.7]H)(-[::90,0.7]H)(-[::-90,0.7]H)}
\begin{document}
\chemfig{C(-[:90,0.7]H)(-!\chfmethyl)(-[:180]!\chfmethyl)(-[:-90]!\chfmethyl)}
\end{document}

答案2

好吧，一点也不难，而且确实让情况更加清晰。只需在取代碳的位置旁边添加一个带有 -[6] 的幻像点即可。

\documentclass[12pt, reqno]{amsart}
\usepackage{chemfig}
\definesubmol{\lmethyl}{C(-[2]H)(-[4]H)(-[6]H)}
\definesubmol{\rmethyl}{C(-[2]H)(-[6]H)-H}
\definesubmol{\tmethyl}{C(-[2]H)(-[4]H)-H}
\definesubmol{\bmethyl}{C(-[4]H)(-[6]H)-H}
\definesubmol{\cmethyl}{C(-[2]H)(-[6]H)}
\definesubmol{\cbmethyl}{C(-[2]H)}
\begin{document}
\chemfig{!\lmethyl-!\cbmethyl(-[6]-[6]!\bmethyl)(-!\rmethyl)}
\end{document}

在此处输入图片描述

如果有人有更简洁的解决方案，我仍然想看一看，间距仍然不是最大的。

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