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计算字符串中的相对位置

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计算字符串中的相对位置

输入文件示例：

#name   complete(cs)    len(cs) simple(ss)  len(ss) position(ss)
NAME1   A0AAA000AAA00A  14      AAAAAAAA    8        4,6
NAME2   AAAA0AA00000A   13      AAAAAAA     7        7

假设我有兴趣了解在位置（ss）列中给出的简化字符串（ss）的一些字母在完整字符串（cs）中的相应位置。 注意：在简单字符串(ss)中，只允许使用字母。在完整的字符串中，每个字符都是允许的。

在此示例中，它将返回：

示例输出文件：

#name   complete(cs)    len(cs) simple(ss)  len(ss) pos(ss) pos(cs)
NAME1   A0AAA000AAA00A  14      AAAAAAAA    8        4,6    5,10
NAME2   AAAA0AA00000A   13      AAAAAAA     7        7      13

我目前正在使用 python 构建这个文件，但我确信有一个简单的 Unix 出路。

答案1

一个perl办法：

$ perl -anle '
    print "$_ position(cs)" and next if /^#/;
    printf "%s",$_;
    for $pos_ss (split ",",$F[5]) {
        $char = substr($F[3],$pos_ss-1,1);
        @cs = split //,$F[1];
        @cs_idx = grep {$cs[$_] eq $char} 0..$#cs;
        push @res,++$cs_idx[$pos_ss-1];
    }
    printf "%14s\n", join ",",@res;
    @res=();
' file
#name   complete(cs)    len(cs) simple(ss)  len(ss) position(ss) position(cs)
NAME1   A0AAA000AAA00A  14      AAAAAAAA    8        4,6          5,10
NAME2   AAAA0AA00000A   13      AAAAAAA     7        7            13

它是如何工作的

  • 前两行打印原始条目。
  • for $pos_ss (split ",",$F[5])：我们拆分字段 6，在简单字符串中获取所需的每个索引。
  • $char = substr($F[3],$pos_ss-1,1)：获取简单字符串中给定索引处的字符。
  • @cs = split //,$F[1]：我们获取完整字符串中的所有字符，将它们保存到数组中。
  • @cs_idx = grep {$cs[$_] eq $char} 0..$#cs：获取数组中所有@cs值相等的索引$char。
  • push @res,++$cs_idx[$pos_ss-1]：保存我们想要数组的索引@res。
  • 最后两行只是打印我们得到的结果和空@res数组以供下次使用。

答案2

这可以从 bash 运算符和硬编码信息开始。这是非常不言而喻的：

#!/bin/bash

word="A0AAA000AAA00A"
required=(4 6)
match="A"
w=$word

# get the positions of $match in $word
while [ ! -z "$w" ]; do
    n=$(expr index "$w" $match)
    w=${w:$n}
    counter=$(( counter + n ))
#   echo "position $counter. now w=$w"
    pos+=($counter)
done

echo "All positions: ${pos[@]}"

# print the position of $match in $word on positions given by $required
for i in "${required[@]}"
do
    echo "position $i: ${pos[i-1]}"
done

可以使用某种 来完成一般情况while read; do... done < file，获取必要的列。

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