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在这种情况下，如何从 awk 中调用 bc ？

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在这种情况下，如何从 awk 中调用 bc ？

好的，所以我喜欢我的awk，但是，是的，它有精度问题，不幸的是，我没有简单的方法来安装称为 的多精度扩展gawkextlib。

我正在做的是，我正在解决以下问题罗莎琳德信息使用外壳单衬。我发现在网站设定的五分钟时间内使用这些 shell 语句对 DNA/RNA 链执行所需的计算并不困难。

无论如何，我一直被这个问题困扰，但我总是想提高我对 Linux 工具的知识。在这种情况下，我需要bc从调用awk。

命令bc应该是：

bc <<< "scale=1000; $1/$2"

其中$1和$2是我正在使用的两列文本awk。

该awk命令源自我编写的一些 shell 函数：

nucleic-line () {
sed 's/\(.\)/\1\n/g' < $@
}

gc-numeric-count () {
n=$(nucleic-line $@ | wc -l)
m=$(nucleic-line $@ | grep -v "[AT]" | wc -l)
echo $m $n
}
export -f gc-numeric-count

column-percent-count () {
for f in $@; do gc-numeric-count $f; done | awk '{a = $1/$2 | print a * 100}'
}

就我的目的而言，awk '{a = $1/$2 | print a * 100}'还不够精确。它得到了正确的鸟嘌呤和胞嘧啶的百分比，但我需要它的小数位数超出了awk所能提供的范围。正如我所说，不幸的是我无法安装gawkextlib.我需要任意精度，所以我需要使用bc.但我也希望能够处理列，就像我可以在awk.

那么，如何修改最后一个表达式的最后一行以bc在$1and上使用命令$2？

答案1

你的问题是你把 shell 当作它不是的东西：一种编程语言。 shell 首先是一个命令行解释器。 shell脚本就是脚本。如果你用 shell 语法来实现你的问题的逻辑和算法，那么你就走错了路。

您的代码中存在明显的问题，例如未加引号的变量。但总而言之，运行这么多命令（因为 shell 是运行命令的工具，而不是编程语言）只是为了查找文件中除 A 和 T 之外的字符的比例，感觉很丑陋。

另外，awk 在内部使用 64 位浮点数。您确定您需要比这更高的精度吗？如果这些数字要被比这个更精确的东西使用，你不能使用它吗某物做整件事？

要回答你的问题，你会这样做：

$ echo 1 3 | awk -vRS= '{("echo scale=300\\;" $1 "/" $2 "|bc -l") | getline; print}'
.3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333\
33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333\
33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333\
33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333\
33333333333333333333333333333

但你可以很容易地看出这是多么毫无意义：awk 为每行输入运行一个 shell 和两个命令，读取它们的输出并再次打印......即使是外壳也可以做得很好，而不需要那么大惊小怪。

如果您仍然想使用 awk，一个稍微不那么愚蠢的方法是：

echo 1 3 | awk 'BEGIN{print "scale=300"}{print $1"/"$2}' | bc

到时候，只有一一awk命令bc。

对我来说，很明显你需要一种真正的编程语言（我想到的是 perl、ruby、python）。您可以从 shell 脚本调用该编程语言的解释器，但只能调用一次：只需一次调用就足以完成整个任务。

答案2

不知道你的脚本的其余部分（我不知道你是否依赖于返回值$m $n其他地方）-你考虑过这个吗？

gc-numeric-count () {
  n=$(nucleic-line $@ | wc -l)
  m=$(nucleic-line $@ | grep -v "[AT]" | wc -l)
  echo "scale=1000;${m}/${n"}
}
export -f gc-numeric-count

column-percent-count () {
  for f in $@; do gc-numeric-count $f | bc -l; done 
}

答案3

我没有看到传递变量有任何问题。另外，GNU dc（包含在 bc 中）对于嵌入式计算、更少的管道和反向抛光来说要容易得多：

print '355 113' | awk -vRS='' '{"dc -e \"1000k"$1" "$2"/pq\"" | getline; print; close(dc)}

同意 Stephane 的观点，shell 做线索工作，awk 做格式化工作，计算应该进行 dc

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