参考书目显示方式存在问题

Question

我有一个Bibliography.bib包含以下代码的文件：

@online{Bacterial_Classification,
  author   = "Franklin D. Lowy",
  title    = "Bacterial Classification, Structure and Function",
  url      = "https://api.semanticscholar.org/CorpusID:49963607",
  year     = 2008,
  note     = "Accessed: Columbia University",
  keywords = "Basics of Bacteria"
}

@article{Mass_Spectrometry,
  author =       "Anja Freiwald
and Sascha Sauer",
  title =        "Phylogenetic classification and identification of bacteria by mass spectrometry",
  journal =      "Nat Protoc",
  volume =       "4",
  number =       "5",
  pages =        "732-742",
  year =         "2009, doi: https://doi.org/10.1038/nprot.2009.37",
  DOI =          "https://doi.org/10.1038/nprot.2009.37",
  keywords =     "Spectrometry"
}

我的main.tex文件内容如下：

\documentclass[twoside, a4paper, 11pt]{article}
\usepackage[figuresright]{rotating}
\renewcommand{\baselinestretch}{1.2}
 
\usepackage[top=2.5cm, left=2.5cm, right=2.5cm, bottom=2.5cm, headheight=1.25cm, footskip=1.25cm, margin=1in]{geometry}

\usepackage{tabularx}
\usepackage{array}
\usepackage{caption}
\captionsetup[figure]{name=Figure}
\captionsetup[table]{name=Table}
\usepackage{longtable}

\usepackage{ragged2e}
\justifying

\usepackage{fontspec}
\setmainfont{Times New Roman}

\usepackage{amsmath}
\usepackage{amssymb}

\usepackage{afterpage}
\usepackage{esint}
\usepackage{listings}
\usepackage{color}
\usepackage{tcolorbox}
\usepackage{changepage}
\usepackage{subcaption}
\usepackage{setspace}
\usepackage{url}
\usepackage{multirow}
\usepackage{minted}

\setlength{\parindent}{0em}

\usepackage{float}

\usepackage{titlesec}
\titleformat{\section}
{\normalfont\LARGE\bfseries}{Chapter~\thesection :}{1em}{}

\usepackage{cite} 
\usepackage{xurl}
\bibliographystyle{IEEEtran}

\usepackage{hyperref}
\hypersetup{
    colorlinks=true,
    linkcolor=black,
    citecolor=black,
    filecolor=black,      
    urlcolor=black,
    pdftitle={Comparative Study of Electronic Circuits for Bacterial Identification},
    pdfauthor={Dimitrios D. Koliouskas},
    pdfpagemode=FullScreen,
    }
\urlstyle{same}



\begin{document}

\section{Example}
\input{Chapter 1}
\clearpage

\pagestyle{plain}
\nocite{*}

\renewcommand{\refname}{REFERENCES}
\addcontentsline{toc}{section}{REFERENCES}
\bibliography{Bibliography}
\clearpage

\end{document}

我还有一个Chapter 1.tex包含以下示例代码的文件：

\subsection{Also an example}
Typing...
\cite{Bacterial_Classification}

\subsubsection{example no.2}
Typing...
\cite{Mass_Spectrometry}

在新的空白项目中使用THIS特定示例时，它可以正常工作。BUT在我的实际文档中，它不起作用，并且我的第二篇引用论文（Mass_Spectrometry）在参考文献中首先出现，编号为[1]，而不是第二个，尽管我首先提到了Bacterial_Identification。我必须澄清的是，在我的实际文档中，我真的没有从包到任何其他东西。实际上，唯一改变的是文档中的文本和文件数量.tex。我真的不知道问题出在哪里。

我JUST认为我在下面引用的任何参考书目都会首先出现在参考文献中（这是一个编辑，我没有在我的中包含图形/表格的包main.tex）：

\begin{figure}[hbt]
\center
\resizebox{1\textwidth}{!}{\includegraphics{A bacterial sample to a protein extraction and the final analysis by mass spectrometry.jpg}}
\caption{A bacterial sample subjected to a protein extraction and the final analysis by mass spectrometry. \cite{Mass_Spectrometry}}
  \label{Fig:Mass Spectrometry}
\end{figure}

为什么会这样？有趣的是，\cite{Bacterial_Classification}在上面的图之前提到了 4 次（1 次在文本中，3 次在 3 个不同的图中，均在上述图之前）。