使用床具将床多次转换为床

Question

我有十个 .bam 文件（生物信息格式），我想将其转换为 10 个 .bed 文件，但对于此转换，我需要使用特殊命令

bedtools bamTobed -i (input file) > output file.bed

Answer 1

你的问题不是很清楚，但也许这个 shell 命令有帮助。

for x in *.bam; do
    bedtools bamTobed -i "$x" >"${x%.bam}.bed"
done

Answer 2

你可以这样做：

parallel --jobs <int> "bamToBed -i {} > {.}.bed" ::: *.bam