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计数匹配和不匹配的分组依据

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计数匹配和不匹配的分组依据

请帮助编写以下 shell 脚本。我需要计算样本（col2）中每个泳道（col1）中一致变量的数量。例如，由于所有三个样本中lane1变量1的所有值（col4）都是样本，因此将variable1计入一致变量。同样，泳道 2 的变量 2 和 3 也不一致。

lane1  sample1 variable1 ab
lane1  sample2 variable1 ab
lane1  sample3 variable1 ab   


lane1  sample1 variable2 cd
lane1  sample2 variable2 cd
lane1  sample3 variable2 cd

lane1  sample1 variable3 gh
lane1  sample2 variable3 ab
lane1  sample3 variable3 gh

lane2  sample1 variable1 ac
lane2  sample2 variable1 ac
lane2  sample3 variable1 ac


lane2  sample1 variable2 gt
lane2  sample2 variable2 gt
lane2  sample3 variable2 ac

lane2  sample1 variable3 ga
lane2  sample2 variable3 ga
lane2  sample3 variable3 ac

输出

所有三个样本中一致和不一致变量的数量

      #Consistent #Inconsistent
lane1  2             1
lane2  1             2

答案1

Perl解决方案：

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
use feature qw{ say };

my %values;
while (<>) {
    next if /^$/; # Skip empty lines
    my ($lane, $sample, $var, $val) = split;
    die "Duplicate $lane $sample $var\n" if $values{$lane}{$var}{$val}{$sample};
    $values{$lane}{$var}{$val}{$sample} = 1;
}

my %results;
for my $lane (keys %values) {
    for my $var (keys %{ $values{$lane} }) {
        my $count = keys %{ $values{$lane}{$var} };
        if (1 == $count) {
            ++$results{$lane}{consistent};
        } else {
            ++$results{$lane}{inconsistent};
        }
    }
    say join "\t", $lane, @{ $results{$lane} }{qw{ consistent inconsistent }};
}

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