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LSF-糟糕的资源需求语法错误

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LSF-糟糕的资源需求语法错误

我正在尝试使用 LSF 中提供的内存资源分配命令。该命令的正常格式为：

bsub -R "rusage [mem=1000]" 睡眠 100 秒

当我直接从终端启动此命令时，它可以工作。当我从脚本中运行此命令时，它会失败。

这是我的脚本：

#! /bin/csh -f

set cktsim_memory = $1
set tmp = "|rusage [mem = $cktsim_memory]|" #method2
set tmp = `echo $tmp | sed 's/ =/=/g'` #method2
set tmp = `echo $tmp | sed 's/|/"/g' `
set bsub_option = ""
set bsub_option = ( "$bsub_option" "-R" "$tmp") #method2
set cmd = "bsub $bsub_option sleep 100s"
echo $cmd
$cmd

其运行输出为：

>./cktsim_memory_test 100
bsub_option -R "rusage [mem= 100]"
Bad resource requirement syntax. Job not submitted.
>bsub -R "rusage [mem= 100]" sleep 100s
Job <99775> is submitted to default queue <medium>.

正如您在上面的终端输出中看到的 - 当从脚本启动 bsub 命令时，它会失败，而当从终端运行相同的命令时，它会正常......

请帮我调试这个问题。

答案1

将您的命令放在引号中并进行一些细微的修改。

     bsub -q medium -R 'rusage[mem=1000 ]' 'cd ; ./run_command' 
     -or-
     bsub -q medium -R 'rusage[mem=1000 ]' './FULL_PATH/run_command'

注意： - 确保可以从执行主机访问“run_command”

答案2

这是工作代码：

#! /bin/csh -f

set cktsim_memory = $1
set tmp = "'rusage [mem = $cktsim_memory]'" #method2
set tmp = `echo $tmp | sed 's/ =/=/g'` #method2

set bsub_option = ""
set bsub_option = ( "$bsub_option" "-R" "$tmp") #method2

set cmd = "bsub $bsub_option sleep 100s"
echo $cmd > lsfcmd ; source lsfcmd

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