我有一个这样的文件
chr1 101466461 101466462 1
chr6 160143888 160143889 1
chr19 19231081 19231082 1
chr18 47008735 47008736 1
chr1 161407811 161407812 1
chr4 2957295 2957296 2
chr12 49449119 49449120 1
chr7 99698936 99698937 45
chr1 17555949 17555950 1
chr17 47995738 47995739 1
chr12 77244463 77244464 1
chr20 45846426 45846427 1
chr8 103667756 103667757 1
chrX 3733206 3733207 3
chr19 17711889 17711890 3
chr1 202930379 202930380 1
chr17 62654249 62654250 2
chr11 118560806 118560807 1
chr19 12808650 12808651 2
chr2 61738736 61738737 1
chr12 8121782 8121783 1
chr22 30769375 30769376 1
chr15 50866284 50866285 1
chr8 128412986 128412987 2
chr17 63118510 63118511 2
chr17 27169311 27169312 1
chr2 25125404 25125405 1
chr13 26752444 26752445 2
chr17 79828654 79828655 1
chr16 89713556 89713557 3
chr6 43478242 43478243 1
chr17 79507720 79507721 37
chr2 10251911 10251912 1
chr2 99942853 99942854 1
chr6 30766751 30766752 1
chr2 241401259 241401260 1
chr7 150020595 150020596 2
我想对第一列进行排序，然后对第二列进行排序，然后对第三列进行排序。
如何使用unix中的sort命令来做到这一点？
输出应该是这样的
chr1 17555949 17555950 1
chr1 19585241 19585242 1
chr1 45140053 45140054 5
chr1 68656642 68656643 1
chr1 78408443 78408444 1
chr1 101466461 101466462 1
chr1 118882121 118882122 1
chr1 161407811 161407812 1
chr1 173830786 173830787 1
chr1 202930379 202930380 1
chr10 104223811 104223812 2
chr11 3377667 3377668 9
chr11 6337670 6337671 2
chr11 27524981 27524982 3
chr11 59373319 59373320 1
chr11 62322454 62322455 4
chr11 71149264 71149265 1
chr11 118560806 118560807 1
chr12 6776535 6776536 1
chr12 7083123 7083124 2
chr12 8121782 8121783 1
chr12 49449119 49449120 1
chr12 77244463 77244464 1
chr12 120729137 120729138 2
chr13 26752444 26752445 2
chr14 20826276 20826277 1
chr14 69838752 69838753 1
chr15 50866284 50866285 1
chr15 51841232 51841233 1
chr16 4431159 4431160 1
chr16 4871325 4871326 1
chr16 89713556 89713557 3
chr17 27169311 27169312 1
chr17 36924117 36924118 1
chr17 47995738 47995739 1
chr17 62654249 62654250 2
chr17 63118510 63118511 2
chr17 73873221 73873222 2
chr17 74083467 74083468 1
chr17 78105045 78105046 3
chr17 79507720 79507721 37
chr17 79828654 79828655 1
chr18 43534443 43534444 1
chr18 47008735 47008736 1
chr18 47794477 47794478 1
chr19 1606323 1606324 1
chr19 5691538 5691539 1
chr19 9929712 9929713 7
chr19 10421898 10421899 2
chr19 12808650 12808651 2
chr19 17711889 17711890 3
chr19 19231081 19231082 1
chr19 40853760 40853761 5
chr19 43994590 43994591 1
chr19 45924611 45924612 1
chr19 47977071 47977072 1
chr2 10251911 10251912 1
chr2 25125404 25125405 1
chr2 37362203 37362204 1
chr2 55277977 55277978 1
chr2 61738736 61738737 1
chr2 99942853 99942854 1
chr2 241401259 241401260 1
chr20 34230317 34230318 1
chr20 37053658 37053659 1
chr20 45846426 45846427 1
chr21 23526366 23526367 1
chr22 16145568 16145569 1
chr22 29119862 29119863 1
chr22 30712166 30712167 10
chr22 30769375 30769376 1
chr3 43711238 43711239 2
chr3 48633350 48633351 3
chr3 119389625 119389626 2
chr3 169796731 169796732 1
chr4 2957295 2957296 2
chr4 8440974 8440975 1
chr4 71554018 71554019 2
chr5 43477728 43477729 2
chr6 17988241 17988242 1
chr6 30653492 30653493 1
chr6 30766751 30766752 1
chr6 43478242 43478243 1
chr6 160143888 160143889 1
chr7 83789825 83789826 1
chr7 99058375 99058376 2
chr7 99698936 99698937 45
chr7 129222997 129222998 2
chr7 150020595 150020596 2
chr8 103667756 103667757 1
chr8 128412986 128412987 2
chr8 144601536 144601537 1
chr9 123631184 123631185 1
chr9 131411417 131411418 1
chr9 135216510 135216511 1
chr9 136278984 136278985 2
chrX 3733206 3733207 3
chrX 115589585 115589586 1
chrX 122866375 122866376 2
chrX 153279158 153279159 2
谢谢
答案1
使用 GNU 实现sort
sort -V foo
来自man sortGNU 系统：
-V, --version-sort
natural sort of (version) numbers within text
例子
cat foo
chr1 101466461 101466462 1
chr6 160143888 160143889 1
chr19 19231081 19231082 1
chr18 47008735 47008736 1
chr1 161407811 161407812 1
chr4 2957295 2957296 2
chr12 49449119 49449120 1
chr7 99698936 99698937 45
chr1 17555949 17555950 1
chr17 47995738 47995739 1
chr12 77244463 77244464 1
chr20 45846426 45846427 1
chr8 103667756 103667757 1
chrX 3733206 3733207 3
chr19 17711889 17711890 3
chr1 202930379 202930380 1
chr17 62654249 62654250 2
chr11 118560806 118560807 1
chr19 12808650 12808651 2
chr2 61738736 61738737 1
chr12 8121782 8121783 1
chr22 30769375 30769376 1
chr15 50866284 50866285 1
chr8 128412986 128412987 2
chr17 63118510 63118511 2
chr17 27169311 27169312 1
chr2 25125404 25125405 1
chr13 26752444 26752445 2
chr17 79828654 79828655 1
chr16 89713556 89713557 3
chr6 43478242 43478243 1
chr17 79507720 79507721 37
chr2 10251911 10251912 1
chr2 99942853 99942854 1
chr6 30766751 30766752 1
chr2 241401259 241401260 1
chr7 150020595 150020596 2
sort -V foo
chr1 17555949 17555950 1
chr1 101466461 101466462 1
chr1 161407811 161407812 1
chr1 202930379 202930380 1
chr2 10251911 10251912 1
chr2 25125404 25125405 1
chr2 61738736 61738737 1
chr2 99942853 99942854 1
chr2 241401259 241401260 1
chr4 2957295 2957296 2
chr6 30766751 30766752 1
chr6 43478242 43478243 1
chr6 160143888 160143889 1
chr7 99698936 99698937 45
chr7 150020595 150020596 2
chr8 103667756 103667757 1
chr8 128412986 128412987 2
chr11 118560806 118560807 1
chr12 8121782 8121783 1
chr12 49449119 49449120 1
chr12 77244463 77244464 1
chr13 26752444 26752445 2
chr15 50866284 50866285 1
chr16 89713556 89713557 3
chr17 27169311 27169312 1
chr17 47995738 47995739 1
chr17 62654249 62654250 2
chr17 63118510 63118511 2
chr17 79507720 79507721 37
chr17 79828654 79828655 1
chr18 47008735 47008736 1
chr19 12808650 12808651 2
chr19 17711889 17711890 3
chr19 19231081 19231082 1
chr20 45846426 45846427 1
chr22 30769375 30769376 1
chrX 3733206 3733207 3
答案2
通过执行以下命令：
LC_COLLATE=C sort -k1,1 -k2,2n -k3,3n -k4,4n file
我得到了您想要的确切输出：
chr1 17555949 17555950 1
chr1 101466461 101466462 1
chr1 161407811 161407812 1
chr1 202930379 202930380 1
chr11 118560806 118560807 1
chr12 8121782 8121783 1
chr12 49449119 49449120 1
chr12 77244463 77244464 1
chr13 26752444 26752445 2
chr15 50866284 50866285 1
chr16 89713556 89713557 3
chr17 27169311 27169312 1
chr17 47995738 47995739 1
chr17 62654249 62654250 2
chr17 63118510 63118511 2
chr17 79507720 79507721 37
chr17 79828654 79828655 1
chr18 47008735 47008736 1
chr19 12808650 12808651 2
chr19 17711889 17711890 3
chr19 19231081 19231082 1
chr2 10251911 10251912 1
chr2 25125404 25125405 1
chr2 61738736 61738737 1
chr2 99942853 99942854 1
chr2 241401259 241401260 1
chr20 45846426 45846427 1
chr22 30769375 30769376 1
chr4 2957295 2957296 2
chr6 30766751 30766752 1
chr6 43478242 43478243 1
chr6 160143888 160143889 1
chr7 99698936 99698937 45
chr7 150020595 150020596 2
chr8 103667756 103667757 1
chr8 128412986 128412987 2
chrX 3733206 3733207 3