使用通配符分配的变量中的参数扩展

Question

我的当前文件夹（MA502）中有两个文件，其名称是 -

MA502_TAAGGCGA-TCGCAGG_L001_R1_001.at.fastq
MA502_TAAGGCGA-TCGCAGG_L001_R2_001.at.fastq

我有很多这样的文件夹 - 例如 MA503、MA504 等，我想循环遍历这些文件夹。

我使用通配符分配变量名称 -

Forward=*R1*.at.fastq
Reverse=*R2*.at.fastq

我想在脚本中处理这些文件，并且希望我的输出替换.at为.atqt，以便最终名称看起来像 -

MA502_TAAGGCGA-TCGCAGG_L001_R1_001.atqt.fastq
MA502_TAAGGCGA-TCGCAGG_L001_R2_001.atqt.fastq

我试过

awk 'script' $Forward > ${Forward/.at/.atqt}

我的最终文件名如下 -

*R1*.atqt.fastq

而不是我的预期

MA502_TAAGGCGA-TCGCAGG_L001_R1_001.atqt.fastq

我已经学习了unix上的一切，所以我不确定变量名是如何处理的。任何帮助表示赞赏！

Answer 1

该命令Forward=*R1*.at.fastq将变量设置Forward为字符串*R1*.at.fastq（星号、大写 R、数字 1、星号、点、小写 A 等）。通配符仅在允许多个单词的上下文中扩展；变量赋值的右侧大小需要单个单词，因此不会发生通配符扩展。

在类似 的命令中cat $Forward， 的值中的通配符Forward会被扩展。当变量在双引号外扩展时，其值会被解释为以空格分隔的通配符模式列表，如果任何模式与一个或多个文件匹配，则将其替换为文件列表。

在 中${Forward/.at/.atqt}，首先查找变量的值：*R1*.at.fastq。然后将文本替换应用于该字符串，产生*R1*.atqt.fastq。结果是一个不带引号的变量扩展，因此它被解释为通配符模式。但*R1*.atqt.fastq不匹配任何文件，因此保持不变。

要在设置时扩展通配符Forward，可以将其设为数组。

Forward=(*R1*.at.fastq)

这设置Forward为 1 元素数组，元素是 string MA502_TAAGGCGA-TCGCAGG_L001_R1_001.at.fastq。通配符模式会扩展到匹配列表，因为它处于需要多个单词的上下文（数组赋值的括号）中。

在 bash 中，$Forward当Forwardis 是数组时，相当于${Forward[0]}— 使用与标量变量相同的语法引用数组变量，引用数组的第一个元素。所以你可以保持 awk 命令不变。